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Fabrice ROUX
Directeur de Recherche CNRS (co-directeur de l’équipe)
ECOGEN
SUJETS DE RECHERCHE
Fabrice Roux a obtenu son doctorat en 2004 sur la gestion et prévention de la résistance aux herbicides en utilisant Arabidopsis thaliana comme modèle expérimental (sous la direction de Xavier Reboud, Laboratoire Biologie et Gestion des Adventices, INRAE Dijon). Après sa thèse, il a été ATER pendant un an au laboratoire Génétique et Evolution des Populations Végétales (GEPV, Université de Lille 1) et a travaillé sur l’évolution de la précocité de floraison chez les plantes. Il a ensuite passé une année dans le laboratoire de Joy Bergelson (University of Chicago) où il s’est intéressé à l’identification des bases génétiques de la résistance quantitative chez le pathosystème A. thaliana – Pseudomonas viridiflava. Recruté en tant que chercheur CNRS en 2006 au sein du GEPV (Université de Lille 1), il a développé son propre de thème de recherche portant sur la génomique écologique de l’adaptation chez A. thaliana, avant de codiriger en 2012 le thème de recherche ‘Changements globaux : de la génomique écologique à l’écologie des communautés’. Fabrice s’est principalement intéressé à l’identification des bases génétiques de traits adaptatifs complexes avec la volonté de replacer A. thaliana dans un contexte écologiquement réaliste, et (ii) étudier l’adaptation à différentes échelles spatiales et temporelles. Depuis juillet 2013, Fabrice a intégré le LIPME dans le cadre d’une chaire junior du Labex TULIP (Toulouse) et a mis en place un projet sur la génomique écologique des interactions organisme–organisme. Il s’intéresse notamment à l’identification des bases génétiques sous-jacentes à la coévolution plante–microbiote-pathobiote et plante–plante. Depuis 2021, il co-dirige l’équipe avec Fabienne Vailleau
Fabienne VAILLEAU
Directrice de Recherche INRAE (co-directrice de l’équipe)
ECOGEN
SUJETS DE RECHERCHE
Fabienne Vailleau a obtenu son Doctorat en 2003 à l’Université de Toulouse, thèse réalisée au LIPM dans le groupe de Dominique Roby, sur le pathosystème Arabidopsis thaliana/Xanthomonas campestris pv. campestris. Elle a ensuite été Attachée Temporaire à l’Enseignement et à la Recherche à l’INP-ENSAT, où elle a développé le pathosystème Medicago truncatula/Ralstonia solanacearum. Puis, elle a été recrutée dans le groupe de Michel Petitprez à l’INP-ENSAT en tant que Maître de Conférences, où elle a poursuivi ses recherches dans le domaine des interactions Plantes-Bactéries, en donnant en parallèle des enseignements à l’INP-ENSAT en Phytopathologie et Malherbologie. Elle a notamment été responsable de la spécialisation de 3ème année AgroBioSciences Végétales sur la période 2008-2015. En 2008, Fabienne a rejoint le LIPM pour poursuivre ses recherches dans le groupe de Stéphane Genin et Christian Boucher. Ses travaux ont porté sur l’étude des mécanismes post-traductionnels requis pour la mise en place du pouvoir pathogène chez la bactérie R. solanacearum. Après avoir soutenu son HDR en 2016, Fabienne a orienté ses travaux sur la recherche de protéines végétales ciblées et manipulées par des effecteurs de R. solanaceraum, notamment par des approches de génétique d’association. En 2020, elle a rejoint l’équipe de Fabrice Roux, pour poursuivre ses travaux et les intégrer dans une thématique plus globale visant à caractériser et comprendre le dialogue moléculaire entre la plante et son cortège bactérien. Dans ce contexte, elle développe une thématique de l’équipe ECOGEN sur les interactions plante-microbiote-pathobiote. Depuis 2021, elle co-dirige l’équipe avec Fabrice Roux.
Dominique ROBY
Directrice de Recherches 1ère classe CNRS
ECOGEN
SUJETS DE RECHERCHE
Dominique a réalisé sa thèse de Doctorat au laboratoire de Physiologie Végétale de Toulouse; son travail concernait l’étude des mécanismes de défense induits dans les plantes par des éliciteurs fongiques et le rôle de l’éthylène dans la signalisation de ces processus. Elle a ensuite été recrutée en tant que Chercheur CNRS pour travailler sur la régulation des gènes de défense dans les plantes en réponse à une infection fongique. Après 4 ans, elle est partie à l’Université de Rutgers (USA), puis au Département “Agricultural Products” de la société DuPont de Nemours (USA) pour aborder le rôle et la régulation transcriptionnelle des gènes de chitinases dans l'immunité végétale. Elle a ensuite rejoint le LIPM en 1990 et démarré un groupe en collaboration avec Yves Marco, sur l’étude des interactions plantes-bactéries et plus particulièrement le contrôle de la Réponse Hypersensible, une forme de mort cellulaire encore peu comprise. Actuellement, les principaux objectifs de ses recherches sont d’identifier des composantes clé de l’immunité quantitative chez Arabidopsis à la bactérie pathogène Xanthomonas campestris et au rôle de certaines de ses composantes sur le microbiote de la plante. Avec des approches similaires, elle s’intéresse également aux bases génétiques et moléculaires des interactions de compétition entre les plantes. Ces projets, d’abord développés en collaboration étroite avec Fabrice Roux, sont désormais développés au sein du groupe ECOGEN.
Dominique a été directrice du LIPM de 2011 à 2015, coordinatrice du LabEx TULIP (https://www.labex-tulip.fr/Le-LabEx) de 2011 à 2019, et est actuellement Chef de Département Adjoint du département Santé des plantes et Environnement (SPE) INRAE depuis 2013.
Mathieu HANEMIAN
Chargé de Recherche INRAE
ECOGEN
SUJETS DE RECHERCHE
Au cours de mon 1er postdoc dans l’équipe d’Olivier Loudet à l’INRA de Versailles, j’ai utilisé des approches de génétique quantitative combinées à du phénotypage à haut débit pour identifier les bases génétiques et moléculaires de la croissance végétative chez A. thaliana. L’utilisation de la variabilité naturelle dans ces expériences m’a amené à m’intéresser aux causes écologiques de l’adaptation des plantes et à la biologie de l’évolution. J’ai donc effectué un 2e postdoc dans l’équipe de Cris Kuhlemeier à l’Université de Berne, où j’ai étudié l’influence des pollinisateurs sur la spéciation dans le genre Petunia, en combinant des approches de génétique quantitative, de génomique fonctionnelle et de biologie moléculaire.
J’ai rejoint l’équipe ECOGEN en tant que chercheur depuis octobre 2019, pour travailler sur les mécanismes moléculaires impliqués dans la variabilité naturelle de la réponse à d’autres espèces végétales chez A. thaliana. C’est un sujet passionnant car malgré l’importance des interactions entre plantes dans la constitution des communautés végétales, nous connaissons très peu de choses sur les mécanismes d’adaptation et de co-évolution entre espèces végétales. Par ailleurs, une meilleure compréhension de ces interactions pourrait à terme être utilisé dans la transition agroécologique.
FORMATION
2012 - Doctorat sur les interactions plantes-microorganismes - Université Toulouse III
2008 - Master 2 Recherche Microbiologie-Agrobiosciences - Université Toulouse III
2007 - Maîtrise spécialité Sciences et Technologies du Végétal - Université de Bourgogne
2006 - Licence Sciences, Technologies, Santé spécialité Biologie - Université de Bourgogne
FINANCEMENTS RECENTS
2021-2022 - Projet PIPPIN. Pathways involved in Plant-Plant interactions. Département INRAE – SPE. 27k€. PI: Mathieu Hanemian
2020-2023 - Projet de thèse - Interactions plante-plante : analyse fonctionnelle d'un gène de réponse à la compétition chez Arabidopsis thaliana. Co-financement INRAE Département Santé des Plantes et Environnement (47 k€) - Région Occitanie (55 k€). Co-PIs: Dominique Roby & Mathieu Hanemian
2019 - Unibe initiator grant 2019 (#38990), 20kCHF, PI (declined)
ENSEIGNEMENT
2021 – TD « From QTL mapping to gene identification and more » sur 2 journées
2021/2022 – Tutorat dans le Junior Lab (master international Functional Biology & Ecology)
MEMBRE COMITE
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Membre de la commission développement durable du LIPME (2020-)
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Membre nommé au conseil de laboratoire (2021-)
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Membre nommé au conseil pédagogique TULIP (2020-), avec une implication particulière dans la mise en place des modules Guided Tour et Junior Lab du master international TULIP « Functional Biology and Ecology »
PRODUCTION SCIENTIFIQUE
Hanemian, M., Vasseur, F., Marchadier, E., Gilbault, E., Bresson, J., Gy, I., Violle, C., and Loudet, O. (2020). Natural variation at FLM splicing has pleiotropic effects modulating ecological strategies in Arabidopsis thaliana. Nature Communications 11: 4140.
Yarahmadov, T., Robinson, S., Hanemian, M., Pulver, V., and Kuhlemeier, C. (2020). Identification of transcription factors controlling floral morphology in wild Petunia species with contrasting pollination syndromes. The Plant Journal 104(2):289-301.
Marchadier, E., Hanemian, M., Tisné, S., Bach, L., Bazakos, C., Gilbault, E., Haddadi, P., Virlouvet, L., and Loudet, O. (2019). The complex genetic architecture of shoot growth natural variation in Arabidopsis thaliana. PLOS Genetics 15: e1007954.
Bazakos, C., Hanemian, M., Trontin, C., Jiménez-Gómez, J.M., and Loudet, O. (2017). New Strategies and Tools in Quantitative Genetics: How to Go from the Phenotype to the Genotype. Annual Review of Plant Biology 68: 435–455.
Hanemian, M. et al. (2016). Arabidopsis CLAVATA1 and CLAVATA2 receptors contribute to Ralstonia solanacearum pathogenicity through a miR169-dependent pathway. New Phytologist 211: 502–515.
Yadeta, K.A., Valkenburg, D.-J., Hanemian, M., Marco, Y., and Thomma, B.P.H.J. (2014). The Brassicaceae-Specific EWR1 Gene Provides Resistance to Vascular Wilt Pathogens. PLOS ONE 9: e88230.
Hanemian, M., Zhou, B., Deslandes, L., Marco, Y., and Trémousaygue, D. (2013). Hrp mutant bacteria as biocontrol agents. Plant Signal Behav 8: e25678.
Feng, D.X., Tasset, C., Hanemian, M., Barlet, X., Hu, J., Trémousaygue, D., Deslandes, L., and Marco, Y. (2012). Biological control of bacterial wilt in Arabidopsis thaliana involves abscissic acid signalling. New Phytologist 194: 1035–1045.
Yadeta, K.A., Hanemian, M., Smit, P., Hiemstra, J.A., Pereira, A., Marco, Y., and Thomma, B.P.H.J. (2011). The Arabidopsis thaliana DNA-Binding Protein AHL19 Mediates Verticillium Wilt Resistance. MPMI 24: 1582–1591.
LIENS
HOBBY
Le jardinage (qui m’en apprend sans doute plus sur les plantes que le travail)
La randonnée
Carine HUARD-CHAUVEAU
Ingénieure de Recherche INRAE
ECOGEN
SUJETS DE RECHERCHE
Pendant sa thèse au laboratoire de Biochimie et Structure des Protéines, INRAE de Jouy-en-Josas, Carine a travaillé sur la caractérisation des hydrolases du peptidoglycane de Lactococcus lactis. Elle a ensuite été recrutée dans l’unité de Pathologies de Petits Ruminants au laboratoire de Sophia-Antipolis de l’ANSES (Agence nationale de sécurité sanitaire de l’alimentation, de l’environnement et du travail). Elle a rejoint le LIPM en 2005. Elle développe des projets visant à caractériser des gènes contrôlant la résistance quantitative d’A.thaliana à Xanthomonas campestris pv campestris en combinant des approches de biologie moléculaire, de transcriptomique, de biologie des systèmes et de génomique fonctionnelle.
FORMATION
1997 - Maîtrise de Biologie Cellulaire et Physiologie - Université de Versailles St Quentin-en-Yvelines (78)
1998 - DEA Activités Biologiques des Substances Naturelles - Muséum National d’Histoire Naturelle, Paris (75)
2002 - Thèse spécialité « Sciences Alimentaires » - Université Paris-Saclay (91)
FINANCEMENTS RECENTS
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Projet QuID (Quantitative Immunity Dissection) financé par le département SPE INRAE - 2021-2023 (29k€). Coordinatrice: Carine Huard-Chauveau.
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Projet TERO. Pépinière de projets contribuant à la stratégie RSE INRAE - Création d’une filière pour la gestion des déchets de culture sur le centre INRAE Occitanie-Toulouse. 2022-2023 (20 k€). Coordinateurs : Carine Huard-Chauveau & Mathieu Hanemian
MEMBRE COMITE
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Référente Développement Durable pour le LIPME et animateur comité DD du LIPME (2020- )
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Membre de la « Commission avancement ITA » (2011- ).
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Membre élu du Conseil Scientifique du laboratoire LIPME (2016 - 2020)
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Membre élu au Conseil De Laboratoire (2007 et 2015)
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Membre nommé au CLHS (2005 - 2017)
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Assistant Prévention INRA (2005 – 2017)
PRODUCTION SCIENTIFIQUE
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C.Bartoli, M. Rigal, C. Huard-Chauveau, B. Mayjonade, F. Roux. The genetic architecture of the adaptive potential of Arabidopsis thaliana in response to Pseudomonas syringae strains isolated from south-west France. Plant Pathology 2024;73:884–897> https://doi.org/10.1111/ppa.13849.
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F. Delplace, C. Huard-Chauveau, F. Roux, D. Roby The Arabidopsis leucine rich repeat receptor-like kinase MIK2 interacts with RKS1 and participates to the control of quantitative disease resistance to the bacterial pathogen Xanthomonas campestris. BioRxiv preprint 2024. https://doi.org/10.1101/2024.01.29.577741.
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F. Delplace*, C. Huard-Chauveau; R Berthomé, D. Roby. Network organization of the plant immune system: from pathogen perception to robust defense induction. Review The Plant Journal. On line August 2021 ; https://doi.org/10.1111/tpj.15462.
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F. Delplace*, C. Huard-Chauveau*, U. Dubiella, E. Alvarez, G. Langin, M. Khafif, F. Roux, R. Peyraud, D. Roby. 2020. Robustness of plant quantitative disease resistance is provided by a decentralized immune network. PNAS 117(30):18099-18109. (*co-premier auteur) ; https://doi.org/10.1073/pnas.2000078117.
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C. Bartoli, L. Frachon, M. Barret, M. Rigal, C. Huard-Chauveau, B. Mayjonade, C. Zanchetta, O. Bouchez, D. Roby, S. Carrère and F. Roux. 2018. In situ relationships between microbiota and potential pathobiota in Arabidopsis thaliana. The ISME Journal. doi: 10.1038/s41396-018-0152-7.
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M. Wang, F. Roux, C. Bartoli, C. Huard-Chauveau, H. Lee, C. Meyer, D. Roby, M. S. McPeeky, J. Bergelson. 2018. Two-Way Mixed-Effects Methods for Joint Association Analysis Using Both Host and Pathogen Genomes. PNAS. https://doi.org/10.1073/pnas.
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L. Frachon*, C. Libourel*, R. Villoutreix, S. Carrère, C. Glorieux, C. Huard-Chauveau, M. Navascués, L. Gay, R. Vitalis, E. Baron, L. Amsellem, O. Bouchez, M. Vidal, V. Le Corre, D. Roby, J. Bergelson and F. Roux. 2017. Intermediate degrees of synergistic pleiotropy drive adaptive evolution in ecological time. Nature Ecology & Evolution. Erratum in Nat Ecol Evol. 2018 (* co-contributeurs). doi: 10.1038/s41559-017-0297-1.
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M. Khafif*, C. Balague*, C. Huard-Chauveau, D. Roby. 2017. An essential role for the VASt domain of the Arabidopsis VAD1 protein in the regulation of defense and cell death in response to pathogens. PloS One. (* co-contributeurs). https://doi.org/10.1371/journal.pone.0179782.
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M. Debieu*, C. Huard-Chauveau*, A. Genissel, F. Roux, D. Roby. 2016 Quantitative Disease Resistance to the bacterial pathogen Xanthomonas campestris involves an Arabidopsis immune receptor pair and a gene of unknown function. Molecular Plant Pathology. (*co-premier auteur). doi: 10.1111/mpp.12298.
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F. Roux, D. Voisin, T. Badet, C. Balagué, X. Barlet, C. Huard-Chauveau, D. Roby, S. Raffaele. Resistance to phytopathogens e tutti quanti: placing plant Quantitative Disease Resistance on the map. Molecular Plant Pathology 2014 : 15(5) :427-432. doi: 10.1111/mpp.12138.
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C. Huard-Chauveau, L. Perchepied, M. Debieu, S. Rivas,T, Kroj, I. Kars, J. Bergelson, F. Roux and D. Roby. 2013. An atypical kinase under balancing selection confers broad-spectrum disease resistance in Arabidopsis. PLoS Genetics 9(9): e1003766. https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1003766.
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Brevet européen : DI CNRS 05912/01 - INRA DI-RV-11-0051 – Resistance to black rot disease in plants from , and families ; dépôt le 27/01/2012
Baptiste MAYJONADE
Ingénieur d’Etudes INRAE
ECOGEN
SUJETS DE RECHERCHE
Baptiste a obtenu un Master Professionnel en Biotechnologie à l’Université de Limoges. Il a ensuite travaillé au laboratoire de marquage moléculaire de Limagrain Europe à Chappes où il développait des marqueurs moléculaires sur plusieurs espèces de grandes cultures dans le cadre de projets de sélection assistée par marqueurs. Il a rejoint le LIPME en 2012, pour travailler sur la génétique et la génomique des réponses aux stress biotiques et abiotiques du Tournesol. Il était chargé de projets de transcriptomiques, génomiques et de développements méthodologiques. Depuis septembre 2015, il a été recruté au sein de l’équipe ECOGEN. Il est chargé de la caractérisation aux niveaux génomique, écologique et phénotypique de 168 populations d’Arabidopsis thaliana dans la région Sud-Ouest de la France, et des communautés végétales et microbiennes associées. Pour celà, il met en place des méthodologies innovantes, notamment basées sur les techniques de séquençage à haut-débit les plus récentes.
Chrystel GIBELIN-VIALA
Assistante Ingénieure INRAE
ECOGEN
SUJETS DE RECHERCHE
Chrystel Gibelin-Viala a été recrutée à l’INRA Poitou-Charentes en 2000. Elle a travaillé au laboratoire de Biologie Moléculaire de l’URP3F, unité qui travaille sur le fonctionnement des peuplements fourragers pérennes dans les prairies. Elle a rejoint le LIPME en 2009 au sein du groupe de Clare Gough et Julie Cullimore, où elle a étudié la mycorrhization à arbuscules à partir de mutants potentiels de mycorrhization. Elle a également travaillé sur les nouvelles approches génétiques pour analyser le contrôle du spectre d’hôte dans la symbiose rhizobium-légumineuses. Depuis janvier 2020, elle a intégré l’équipe ECOGEN. Sa principale mission s’inscrit dans la thématique des interactions plante-microbiote-pathobiote de l’équipe. L’un de ses principaux objectifs est de contribuer à la caractérisation et compréhension du dialogue moléculaire entre Arabidopsis thaliana et son cortège bactérien. Chrystel a des compétences en biologie moléculaire (extraction d’ADN, PCR, génotypage), microscopie, biologie des plantes (suivi des plantes, mise en place d’expérimentations, phénotypage) et microbiologie.
Béatrice GABINAUD
Technicienne de Recherche INRAE
ECOGEN
SUJETS DE RECHERCHE
Béatrice a intégré INRAE en 1993 à l’école vétérinaire de Nantes, après une maîtrise de biologie des organismes et des populations et un DEA de parasitologie. Ses missions portaient sur la chirurgie des animaux modèles (dystrophie musculaire de Duchêne), les cultures primaires de cellules satellites, l’histologie et la microscopie (analyse d’images). Après une mobilité en 1999 dans l’UMR GenPhySE (Génétique,Physiologie et Systèmes d’Elevage), elle travaille 7 ans sur la qualité de la viande puis 14 ans sur la caractérisation du microbiote des écosystèmes digestifs d’animaux d’élevage en préparant les prélèvements pour le séquençage (extraction d’ADN, PCR, qPCR, microbiologie).
Par souhait de reconversion sur le végétal, Béatrice a rejoint l'équipe ECOGEN à mi-temps en Septembre 2020, et ses missions principales sont le suivi des plantes dans le cadre de projets terrain ou en serre et la caractérisation moléculaire des interactions plante-plante interspécifiques (Arabidopsis thaliana avec 4 espèces associées).
Son autre mi-temps lui permettra de renforcer l’équipe du service de Production et Expérimentation des Végétaux du LIPME.
Alexandre PERRAT
Post-doctorant CNRS
ECOGEN
SUJETS DE RECHERCHE
Alexandre a préalablement étudié les sciences cellulaires et biomoléculaires, avant de réaliser son doctorat à l'Université de Toulouse, avec un intérêt pour la caractérisation des interactions microbiennes en association avec les clades shigatoxinogènes du colibiote, notamment en (i) prédisant les facteurs responsables d’avantages évolutifs de certains groupes, (ii) évaluant le potentiel d'inhibition de souches commensales ou pathogènes, et la mise en place de stratégies spécifiques comme alternative aux antibiotiques conventionnels. Il fait partie de l'équipe ECOGEN depuis 2022 pour collaborer au projet PATHOCOM financé par le Conseil Européen de la Recherche, étudiant les interactions simultanées de différentes bactéries commensales et pathogènes de plante, en utilisant Arabidopsis thaliana comme système modèle, pour comprendre comment ces interactions, des échelles binaires à supérieures, façonnent la composition et la structure des communautés microbiennes dans la nature et ses impacts.
Marie INVERNIZZI
Doctorante
ECOGEN
SUJETS DE RECHERCHE
Marie Invernizzi a rejoint l’équipe ECOGEN en Octobre 2020 pour un doctorat sous la direction de Dominique Roby et Mathieu Hanemian sur les interactions plantes-plantes. Le projet vise à comprendre les voies contrôlant la réponse à la compétition chez Arabidopsis thaliana.
FORMATION
Elle a obtenu sa licence en Biologie des populations et des organismes à l’Université de Toulouse en 2017. Elle a ensuite effectué un Master en sciences végétales à l’Université de Toulouse en 2019. Dans ce cadre, elle a effectué un stage dans l’équipe de Dominique Roby au LIPM sur l'analyse fonctionnelle des voies de résistance quantitative à Xanthomonas campestris pv. campestris chez Arabidopsis thaliana. A la suite de son Master, elle a travaillé 1 an chez Syngenta en tant que chef de projet dans l’équipe Pathologie Maïs Europe, sur les mycotoxines et l’étude génomique de la réponse à la fusariose du maïs.
FINANCEMENTS RECENTS
Sa thèse est co-financée par INRAe et la région Occitanie.
MEMBRE COMITE
-
Marie est membre du comité Développement Durable, et du comité Hygiène et sécurité du LIPME.
LIENS
HOBBY
« J’aime mes plantes et mes chats. Je dessine, lis beaucoup, et suis passionnée par l’histoire et l’astronomie. Mon dinosaure préféré est le Triceratops, si vous vous le demandez. ».
Rémi DUFLOS
Doctorant
ECOGEN
SUJETS DE RECHERCHE
Rémi Duflos a obtenu son diplôme d'ingénieur agronome de l'INP-ENSAT (École Nationale Supérieure Agronomique de Toulouse) spécialisation « Agrobiosciences Végétales » en double diplôme avec le master Adaptation, Développement et Amélioration des plantes en présence de Microorganismes (ADAM) de l’Université Toulouse Paul Sabatier en 2021. Il a réalisé son projet de fin d’étude au sein de l’équipe ECOGEN, encadré par Fabienne Vailleau et Fabrice Roux. Ce projet avait pour sujet l’établissement d’une carte génomique adaptative d’Arabidopsis thaliana en réponse aux principaux membres de ses communautés bactériennes foliaires dans l’ex-région Midi-Pyrénées. Son doctorat s’inscrit dans la continuité de ce projet : dans un premier temps en réalisant l’analyse fonctionnelle de gènes candidats identifiés chez A. thaliana ; et dans un second temps en identifiant, chez Pseudomonas koreensis, des gènes bactériens régissant le dialogue génétique et moléculaire avec A. thaliana.
Roxane LION
Assistante Ingénieure CDD CNRS
ECOGEN
SUJETS DE RECHERCHE
Après l’obtention d’une Licence Professionnelle en biologie moléculaire à l’IUT de Mont-de-Marsan, Roxane a été recrutée en CDD à l’INRA de Bordeaux au sein de l’unité Biologie du fruit et Pathologie. Elle a travaillé dans l’équipe Virologie sur le projet ANR Potymove où elle a étudié les gènes impliqués dans la résistance au virus TuMV ainsi que son mouvement dans le modèle Arabidopsis thaliana. Depuis novembre 2021, elle a intégré l’équipe ECOGEN pour travailler sur le projet ERC Pathocom.
Paloma DURÁN
Post-doctorante
ECOGEN
SUJETS DE RECHERCHE
Paloma comes from Spain and studied Biology at the University of Salamanca. For her PhD, she moved to the MPIPZ in Cologne, Germany, and worked in the groups of Paul Schulze-Lefert and Stéphane Hacquard. There, she studied the multikingdom microbial communities associated with roots of natural Arabidopsis thaliana populations across Europe and the impact of microbial interactions on plant health. She was then then granted a Postdoctoral Fellowship with CEPLAS and moved to the group of Ruben Garrido Oter, also at the MPIPZ. There, she studied the microbiota composition and interactions at the phycosphere of the model microalgae Chlamydomonas reinhardtii, and investigated the microbial composition overlap with land plants. She is now part of the ECOGEN lab, where she will study the pathobiota of A. thaliana natural populations, investigating the host and microbial genetic factors, as well as environmental cues, that underlie these interactions.
Relevant publications
Durán, P., Flores-Uribe, J., Wippel, K., Zhang, P., Guan, R., Melkonian, B., Melkonian, M. & Garrido-Oter, R. (2022). Nat Commun 13, 406
Thiergart, T., Durán, P., Ellis, T. et al. (2020) Root microbiota assembly and adaptive differentiation among European Arabidopsis populations. Nat. Ecol. Evol. 4, 122–131.
Durán, P., Thiergart, T., Garrido-Oter, R., Agler, M., Kemen, E., Schulze-Lefert, P., & Hacquard, S. (2018). Microbial interkingdom interactions in roots promote Arabidopsis survival. Cell, 175(4), 973-983.
Hassani, M. A., Durán, P., & Hacquard, S. (2018). Microbial interactions within the plant holobiont. Microbiome, 6(1), 58.
Sonia SILVA
Assistante Ingénieure CDD CNRS
ECOGEN
SUJETS DE RECHERCHE
Sonia a obtenu Master en Biotechnologie, Biologie moléculaire et Microbiologie à l’université de Toulouse. Elle a ensuite travaillé deux années pour TWB (Toulouse White Biotechnologie) au sein de la plateforme Ingénierie de souches à haut débit où elle travaillait sur l’ingénierie génétique bactérienne, de levures et micro-algues. Depuis mars 2022, elle a intégré l’équipe ECOGEN pour travailler sur le projet ERC Pathocom.
Lien externe
Coralie FUERTES
Technicienne de recherche CDD CNRS
ECOGEN
SUJETS DE RECHERCHE
Coralie a obtenu sa Licence Professionnelle Génome et Biotechnologies pour l'Amélioration des Plantes (GeBAP) à l’Université Toulouse 3 Paul Sabatier en septembre 2023. Dans le cadre de cette licence, elle a effectué un stage au sein des équipes ECOGEN et ENOD sur les interactions plante-plante entre Arabidopsis thaliana et Medicago truncatula. Elle était encadrée par Matthias Benoit et Mathieu Hanemian. En décembre 2023, elle revient dans l'équipe ECOGEN pour travailler sur le projet ERC PATHOCOM en tant que technicienne de recherche dans le cadre de la mise en place de collections bactériennes qui seront utilisées pour tester les interactions au sein du pathobiote bactérien d'Arabidopsis thaliana mais aussi entre le pathobiote et le microbiote d'Arabidopsis thaliana.
Tifaine FOLLETTI
Ingénieure d’Etudes INRAE
ECOGEN - RLE
SUJETS DE RECHERCHE
Tifaine a obtenu son master en Biotechnologie des Plantes Tropicales à l’université de Montpellier en 2021. Pendant ses études elle a réalisé une année de césure (entre le M1 et le M2) pendant laquelle elle a travaillé dans l’équipe SPI du LIPME avec Mireille Chabaud, en tant qu’assistante ingénieure, sur la recherche de résistance chez le tournesol à une plante parasite, l’orobanche. Après avoir obtenu son master, elle a réalisé un CDD d’ingénieure en biotechnologie chez SYNGENTA pendant lequel elle a travaillé sur l’amélioration d’un protocole d’extraction d’ADN mitochondrial sur l’orge. Depuis avril 2022 elle a intégré le LIPME entre l’équipe ECOGEN et RLE pour travailler sur le projet ANR PATHOSYM.
Anciens membres
Visiting scientists
Hanna Susi (University of Helsinki) 2022
Quanjing Zheng 2023 (PhD student from the University of Copenhagen)
Post-docs
Claudia Bartoli - post-doc (2014-2016)
Ullrich Dubiella - post-doc (2015-2018)
Tatiana Vernié- post-doc (2017-2018)
Florent Delplace - post-doc (2020-2021)
Doctorant(e)s
Romain Villoutreix (2010-2013)
Etienne Baron (2011-2014)
Lea Frachon (2014-2017)
Cyril Libourel (2015-2019)
Nathalie Aoun (2016-2019)
Lorenzo Favale (2017)
Jaishree Subrahmaniam (2017-2020)
Florent Delplace (2017-2020)
Nargess Razavi (2017-2021)
Choghag DEMIRJIAN (2019 - 2022)
Daniela Ramirez-Sanchez (2019-2022)
Agents techniques (CDD)
Rémi Zamar (2018 - 2022)
Oriane Besset (2022 - 2023)
Etudiant(e)s
Cyril Libourel - Master 2 (2015)
Eve Coutant - Master 1 (2015)
Arnaud Chevalier-Mairet - Master 1 (2016)
Wijmer Taeken - Master 1 (2016)
Thomas Dussarat - Master 1 (2017)
Arnaud Chevalier-Mairet - Master 2 (2018)
Laurie Thailades - Master 1 (2019)
Louis Uhlmann - Licence professionnelle (2020)
Alexandre Boubegtitène - Master 2 (2021)
Paul Baumet - Master 1 (2021)
Manon Pradel - Master 1 (2021) + Master 2 (2022)
Corentin Chalas - Master 1 (2023)
Irene Leccia - Stage de césure (2023)
Leo Zbierski - BTS 1ère année (2023)
Elena Dangla - Master 2 (2023)
Anais Bottelo - Master 2 (2023)
Léonie FALGOUS
Etudiante 5è année école d'ingénieur de Purpan
ECOGEN
SUJETS DE RECHERCHE
Je suis actuellement étudiante en 5e année à l'école d'ingénieur de Purpan à Toulouse. J'ai réalisé un premier stage chez LIDEA pendant lequel j'ai travaillé sur un programme de sélection par backcross assisté par marqueurs sur le colza. En ce début 2024, j'ai rejoint l'équipe ECOGEN pour mon stage de fin d'études. Je me consacrerai à l'étude de la variation génétique naturelle des interactions de compétition entre les plantes
Corentin CHALAS
Etudiant Master 2
ECOGEN
SUJETS DE RECHERCHE
Je suis actuellement en Master 2 de Biologie Végétale, parcours "Plant-Microbe Interaction for Plant Health" à l'Université Claude Bernard Lyon 1. J'ai obtenu ma Licence Sciences de la Vie, parcours "Sciences de la Biodiversité" dans la même université en 2022.
J'ai pu réaliser en 2023 mon stage de Master 1 sur les interactions plantes-bactéries bénéfiques avec l'étude de la réponse de cinq accessions naturelles d'Arabidopsis thaliana à des inoculations simples ou des co-inoculation de couple de 4 OTUs (Unité Taxonomique Opérationnelle) bactériennes commensales de la phyllosphère, au sein de l'équipe ECOGEN avec Rémi DUFLOS, Fabienne VAILLEAU et Fabrice ROUX. Je réalise maintenant mon stage de Master 2 dans la même équipe sur l'identification et la validation fonctionnelle de gènes bactériens impliqués dans la promotion de la croissance d'Arabidopsis thaliana.