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Tel

Mots clés

Fabrice ROUX

Directeur de Recherche CNRS 2ème classe (co-directeur de l’équipe)

ECOGEN

SUJETS DE RECHERCHE

Fabrice Roux a obtenu son doctorat en 2004 sur la gestion et prévention de la résistance aux herbicides en utilisant Arabidopsis thaliana comme modèle expérimental (sous la direction de Xavier Reboud, Laboratoire Biologie et Gestion des Adventices, INRAE Dijon). Après sa thèse, il a été ATER pendant un an au laboratoire Génétique et Evolution des Populations Végétales (GEPV, Université de Lille 1) et a travaillé sur l’évolution de la précocité de floraison chez les plantes. Il a ensuite passé une année dans le laboratoire de Joy Bergelson (University of Chicago) où il s’est intéressé à l’identification des bases génétiques de la résistance quantitative chez le pathosystème A. thaliana – Pseudomonas viridiflava. Recruté en tant que chercheur CNRS en 2006 au sein du GEPV (Université de Lille 1), il a développé son propre de thème de recherche portant sur la génomique écologique de l’adaptation chez A. thaliana, avant de codiriger en 2012 le thème de recherche ‘Changements globaux : de la génomique écologique à l’écologie des communautés’. Fabrice s’est principalement intéressé à l’identification des bases génétiques de traits adaptatifs complexes avec la volonté de replacer A. thaliana dans un contexte écologiquement réaliste, et (ii) étudier l’adaptation à différentes échelles spatiales et temporelles. Depuis juillet 2013, Fabrice a intégré le LIPME dans le cadre d’une chaire junior du Labex TULIP (Toulouse) et a mis en place un projet sur la génomique écologique des interactions organisme–organisme. Il s’intéresse notamment à l’identification des bases génétiques sous-jacentes à la coévolution plante–microbiote-pathobiote et plante–plante. Depuis 2021, il co-dirige l’équipe avec Fabienne Vailleau

FORMATION

Financements récents

FINANCEMENTS RECENTS

Financements récents

COLLABORATIONS

Collaborations

ENSEIGNEMENT

Enseignements

MEMBRE COMITE

Membre comité

ACTIVITE EDITORIALE

Activités éditoriales

PRODUCTION SCIENTIFIQUE

Productions scientifiques

LIENS

Science & Société

SCIENCE ET SOCIETE

Science & Société

HOBBY

Hobbies

AUTRES AFFILIATION

Autres affiliations

 
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Tel

Mots clés

Fabienne VAILLEAU

Maître de conférences Hors Classe INP-ENSAT (co-directrice de l’équipe)

ECOGEN

SUJETS DE RECHERCHE

Fabienne Vailleau a obtenu son Doctorat en 2003 à l’Université de Toulouse, thèse réalisée au LIPM dans le groupe de Dominique Roby, sur le pathosystème Arabidopsis thaliana/Xanthomonas campestris pv. campestris. Elle a ensuite été Attachée Temporaire à l’Enseignement et à la Recherche à l’INP-ENSAT, où elle a développé le pathosystème Medicago truncatula/Ralstonia solanacearum.  Puis, elle a été recrutée dans le groupe de Michel Petitprez à l’INP-ENSAT en tant que Maître de Conférences, où elle a poursuivi ses recherches dans le domaine des interactions Plantes-Bactéries, en donnant en parallèle des enseignements à l’INP-ENSAT en Phytopathologie et Malherbologie. Elle a notamment été responsable de la spécialisation de 3ème année AgroBioSciences Végétales sur la période 2008-2015. En 2008, Fabienne a rejoint le LIPM pour poursuivre ses recherches dans le groupe de Stéphane Genin et Christian Boucher. Ses travaux ont porté sur l’étude des mécanismes post-traductionnels requis pour la mise en place du pouvoir pathogène chez la bactérie R. solanacearum. Après avoir soutenu son HDR en 2016, Fabienne a orienté ses travaux sur la recherche de protéines végétales ciblées et manipulées par des effecteurs de R. solanaceraum, notamment par des approches de génétique d’association. En 2020, elle a rejoint l’équipe de Fabrice Roux, pour poursuivre ses travaux et les intégrer dans une thématique plus globale visant à caractériser et comprendre le dialogue moléculaire entre la plante et son cortège bactérien. Dans ce contexte, elle développe une thématique de l’équipe ECOGEN sur les interactions plante-microbiote-pathobiote. Depuis 2021, elle co-dirige l’équipe avec Fabrice Roux.

FORMATION

Financements récents

FINANCEMENTS RECENTS

Financements récents

COLLABORATIONS

Collaborations

ENSEIGNEMENT

Enseignements

MEMBRE COMITE

Membre comité

ACTIVITE EDITORIALE

Activités éditoriales

PRODUCTION SCIENTIFIQUE

Productions scientifiques

LIENS

Science & Société

SCIENCE ET SOCIETE

Science & Société

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Hobbies

AUTRES AFFILIATION

Autres affiliations

 
 
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Tel

Mots clés

Dominique ROBY

Directrice de Recherches 1ère classe CNRS

ECOGEN

SUJETS DE RECHERCHE

Dominique a réalisé sa thèse de Doctorat au laboratoire de Physiologie Végétale de Toulouse; son travail concernait l’étude des mécanismes de défense induits dans les plantes par des éliciteurs fongiques et le rôle de l’éthylène dans la signalisation de ces processus. Elle a ensuite été recrutée en tant que Chercheur CNRS pour travailler sur la régulation des gènes de défense dans les plantes en réponse à une infection fongique. Après 4 ans, elle est partie à l’Université de Rutgers (USA), puis au Département “Agricultural Products” de la société DuPont de Nemours (USA) pour aborder le rôle et la régulation transcriptionnelle des gènes de chitinases dans l'immunité végétale. Elle a ensuite rejoint le LIPM en 1990 et démarré un groupe en collaboration avec Yves Marco, sur l’étude des interactions plantes-bactéries et plus particulièrement le contrôle de la Réponse Hypersensible, une forme de mort cellulaire encore peu comprise. Actuellement, les principaux objectifs de ses recherches sont d’identifier des composantes clé de l’immunité quantitative chez Arabidopsis à la bactérie pathogène Xanthomonas campestris et au rôle de certaines de ses composantes sur le microbiote de la plante.  Avec des approches similaires, elle s’intéresse également aux bases génétiques et moléculaires des interactions de compétition entre les plantes.  Ces projets, d’abord développés en collaboration étroite avec Fabrice Roux, sont désormais développés au sein du groupe ECOGEN. 

Dominique a été directrice du LIPM de 2011 à 2015, coordinatrice du LabEx TULIP (https://www.labex-tulip.fr/Le-LabEx) de 2011 à 2019, et est actuellement Chef de Département Adjoint du département Santé des plantes et Environnement (SPE) INRAE depuis 2013.

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Mots clés

Mathieu HANEMIAN

Chargé de Recherche INRAE

ECOGEN

SUJETS DE RECHERCHE

Au cours de mon 1er postdoc dans l’équipe d’Olivier Loudet à l’INRA de Versailles, j’ai utilisé des approches de génétique quantitative combinées à du phénotypage à haut débit pour identifier les bases génétiques et moléculaires de la croissance végétative chez A. thaliana. L’utilisation de la variabilité naturelle dans ces expériences m’a amené à m’intéresser aux causes écologiques de l’adaptation des plantes et à la biologie de l’évolution. J’ai donc effectué un 2e postdoc dans l’équipe de Cris Kuhlemeier à l’Université de Berne, où j’ai étudié l’influence des pollinisateurs sur la spéciation dans le genre Petunia, en combinant des approches de génétique quantitative, de génomique fonctionnelle et de biologie moléculaire.

J’ai rejoint l’équipe ECOGEN en tant que chercheur depuis octobre 2019, pour travailler sur les mécanismes moléculaires impliqués dans la variabilité naturelle de la réponse à d’autres espèces végétales chez A. thaliana. C’est un sujet passionnant car malgré l’importance des interactions entre plantes dans la constitution des communautés végétales, nous connaissons très peu de choses sur les mécanismes d’adaptation et de co-évolution entre espèces végétales. Par ailleurs, une meilleure compréhension de ces interactions pourrait à terme être utilisé dans la transition agroécologique.

FORMATION

2012 - Doctorat sur les interactions plantes-microorganismes - Université Toulouse III

2008 - Master 2 Recherche Microbiologie-Agrobiosciences - Université Toulouse III

2007 - Maîtrise spécialité Sciences et Technologies du Végétal - Université de Bourgogne

2006 - Licence Sciences, Technologies, Santé spécialité Biologie - Université de Bourgogne

FINANCEMENTS RECENTS

2021-2022 - Projet PIPPIN. Pathways involved in Plant-Plant interactions. Département INRAE – SPE. 27k€. PI: Mathieu Hanemian

2020-2023 - Projet de thèse - Interactions plante-plante : analyse fonctionnelle d'un gène de réponse à la compétition chez Arabidopsis thaliana. Co-financement INRAE Département Santé des Plantes et Environnement (47 k€) - Région Occitanie (55 k€). Co-PIs: Dominique Roby & Mathieu Hanemian

2019 - Unibe initiator grant 2019 (#38990), 20kCHF, PI (declined)

ENSEIGNEMENT

2021 – TD « From QTL mapping to gene identification and more » sur 2 journées

2021/2022 – Tutorat dans le Junior Lab (master international Functional Biology & Ecology)

MEMBRE COMITE

  • Membre de la commission développement durable du LIPME (2020-)

  • Membre nommé au conseil de laboratoire (2021-)

  • Membre nommé au conseil pédagogique TULIP (2020-), avec une implication particulière dans la mise en place des modules Guided Tour et Junior Lab du master international TULIP « Functional Biology and Ecology »

PRODUCTION SCIENTIFIQUE

Hanemian, M., Vasseur, F., Marchadier, E., Gilbault, E., Bresson, J., Gy, I., Violle, C., and Loudet, O. (2020). Natural variation at FLM splicing has pleiotropic effects modulating ecological strategies in Arabidopsis thaliana. Nature Communications 11: 4140.

Yarahmadov, T., Robinson, S., Hanemian, M., Pulver, V., and Kuhlemeier, C. (2020). Identification of transcription factors controlling floral morphology in wild Petunia species with contrasting pollination syndromes. The Plant Journal 104(2):289-301.

Marchadier, E., Hanemian, M., Tisné, S., Bach, L., Bazakos, C., Gilbault, E., Haddadi, P., Virlouvet, L., and Loudet, O. (2019). The complex genetic architecture of shoot growth natural variation in Arabidopsis thaliana. PLOS Genetics 15: e1007954.

Bazakos, C., Hanemian, M., Trontin, C., Jiménez-Gómez, J.M., and Loudet, O. (2017). New Strategies and Tools in Quantitative Genetics: How to Go from the Phenotype to the Genotype. Annual Review of Plant Biology 68: 435–455.

Hanemian, M. et al. (2016). Arabidopsis CLAVATA1 and CLAVATA2 receptors contribute to Ralstonia solanacearum pathogenicity through a miR169-dependent pathway. New Phytologist 211: 502–515.

Yadeta, K.A., Valkenburg, D.-J., Hanemian, M., Marco, Y., and Thomma, B.P.H.J. (2014). The Brassicaceae-Specific EWR1 Gene Provides Resistance to Vascular Wilt Pathogens. PLOS ONE 9: e88230.

Hanemian, M., Zhou, B., Deslandes, L., Marco, Y., and Trémousaygue, D. (2013). Hrp mutant bacteria as biocontrol agents. Plant Signal Behav 8: e25678.

Feng, D.X., Tasset, C., Hanemian, M., Barlet, X., Hu, J., Trémousaygue, D., Deslandes, L., and Marco, Y. (2012). Biological control of bacterial wilt in Arabidopsis thaliana involves abscissic acid signalling. New Phytologist 194: 1035–1045.

Yadeta, K.A., Hanemian, M., Smit, P., Hiemstra, J.A., Pereira, A., Marco, Y., and Thomma, B.P.H.J. (2011). The Arabidopsis thaliana DNA-Binding Protein AHL19 Mediates Verticillium Wilt Resistance. MPMI 24: 1582–1591.

LIENS

HOBBY

Le jardinage (qui m’en apprend sans doute plus sur les plantes que le travail)

La randonnée

 
 
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Mots clés

Carine HUARD-CHAUVEAU

Ingénieur d’Etudes INRAE

ECOGEN

SUJETS DE RECHERCHE

Pendant sa thèse au laboratoire de Biochimie et Structure des Protéines, INRAE de Jouy-en-Josas, Carine a travaillé sur la caractérisation des hydrolases du peptidoglycane de Lactococcus lactis. Elle a ensuite été recrutée dans l’unité de Pathologies de Petits Ruminants au laboratoire de Sophia-Antipolis de l’ANSES (Agence nationale de sécurité sanitaire de l’alimentation, de l’environnement et du travail). Elle a rejoint le LIPM en 2005. Elle développe des projets visant à caractériser des gènes contrôlant la résistance quantitative d’A.thaliana à Xanthomonas campestris pv campestris en combinant des approches de biologie moléculaire, de transcriptomique, de biologie des systèmes et de génomique fonctionnelle.

FORMATION

1997 - Maîtrise de Biologie Cellulaire et Physiologie - Université de Versailles St Quentin-en-Yvelines (78)

1998 - DEA Activités Biologiques des Substances Naturelles - Muséum National d’Histoire Naturelle, Paris (75)

2002 - Thèse spécialité « Sciences Alimentaires » - Université Paris-Saclay (91)

FINANCEMENTS RECENTS

  • Projet QuID (Quantitative Immunity Dissection) financé par le département SPE INRAE pour 3 ans (29k€).

MEMBRE COMITE

  • Référente Développement Durable pour le LIPME et animateur comité DD du LIPME (2020-   )

  • Membre de la « Commission avancement ITA » (2011-  ).

  • Membre élu du Conseil Scientifique du laboratoire LIPME (2016 - 2020)

  • Membre élu au Conseil De Laboratoire (2007 et 2015)

  • Membre nommé au CLHS (2005 - 2017)

  • Assistant Prévention INRA (2005 – 2017)

PRODUCTION SCIENTIFIQUE

  • F. Delplace*,. Huard-Chauveau; R Berthomé, D. Roby. Network organization of the plant immune system: from pathogen perception to robust defense induction. Review The Plant Journal. On line August 2021 ; https://doi.org/10.1111/tpj.15462.

  • F. Delplace*, C. Huard-Chauveau*, U. Dubiella, E. Alvarez, G. Langin, M. Khafif, F. Roux, R. Peyraud, D. Roby. 2020. Robustness of plant quantitative disease resistance is provided by a decentralized immune network. PNAS 117(30):18099-18109. (*co-premier auteur). ; https://doi.org/10.1073/pnas.2000078117.

  • M. Debieu*, C. Huard-Chauveau*, A. Genissel, F. Roux, D. Roby. 2016 Quantitative Disease Resistance to the bacterial pathogen Xanthomonas campestris involves an Arabidopsis immune receptor pair and a gene of unknown function. Molecular Plant Pathology. (*co-premier auteur).  doi: 10.1111/mpp.12298.

  • C. Huard-Chauveau, L. Perchepied, M. Debieu, S. Rivas,T, Kroj, I. Kars, J. Bergelson, F. Roux and D. Roby. 2013. An atypical kinase under balancing selection confers broad-spectrum disease resistance in Arabidopsis. PLoS Genetics 9(9): e1003766. https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1003766.

  • Brevet européen : DI CNRS 05912/01 - INRA DI-RV-11-0051 – Resistance to black rot disease in plants from , and families ; dépôt le 27/01/2012.

  • Autres publications depuis 2017 :

  • C. Bartoli, L. Frachon, M. Barret, M. Rigal, C. Huard-Chauveau, B. Mayjonade, C. Zanchetta, O. Bouchez, D. Roby, S. Carrère and F. Roux. 2018. In situ relationships between microbiota and potential pathobiota in Arabidopsis thaliana. The ISME Journal. doi: 10.1038/s41396-018-0152-7.

  • Wang, F. Roux, C. Bartoli, C. Huard-Chauveau, H. Lee, C. Meyer, D. Roby, M. S. McPeeky, J. Bergelson. 2018. Two-Way Mixed-Effects Methods for Joint Association Analysis Using Both Host and Pathogen Genomes. PNAS. https://doi.org/10.1073/pnas.

  • L. Frachon*, C. Libourel*, R. Villoutreix, S. Carrère, C. Glorieux, , M. Navascués, L. Gay, R. Vitalis, E. Baron, L. Amsellem, O. Bouchez, M. Vidal, V. Le Corre, D. Roby, J. Bergelson and F. Roux. 2017. Intermediate degrees of synergistic pleiotropy drive adaptive evolution in ecological time. Nature Ecology & Evolution. Erratum in Nat Ecol Evol. 2018 (* co-contributeurs). doi: 10.1038/s41559-017-0297-1.

  • M. Khafif*, C. Balague*, , D. Roby. 2017. An essential role for the VASt domain of the Arabidopsis VAD1 protein in the regulation of defense and cell death in response to pathogens. PloS One. (* co-contributeurs).  https://doi.org/10.1371/journal.pone.0179782.

  • F. Roux, D. Voisin, T. Badet, C. Balagué, X. Barlet, , D. Roby, S. Raffaele. Resistance to phytopathogens e tutti quanti: placing plant Quantitative Disease Resistance on the map. Molecular Plant Pathology 2014 : 15(5) :427-432. doi: 10.1111/mpp.12138.

 
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Baptiste MAYJONADE

Ingénieur d’Etudes INRAE

ECOGEN

SUJETS DE RECHERCHE

Baptiste a obtenu un Master Professionnel en Biotechnologie à l’Université de Limoges. Il a ensuite travaillé au laboratoire de marquage moléculaire de Limagrain Europe à Chappes où il développait des marqueurs moléculaires sur plusieurs espèces de grandes cultures dans le cadre de projets de sélection assistée par marqueurs. Il a rejoint le LIPME en 2012, pour travailler sur la génétique et la génomique des réponses aux stress biotiques et abiotiques du Tournesol. Il était chargé de projets de transcriptomiques, génomiques et de développements méthodologiques. Depuis septembre 2015, il a été recruté au sein de l’équipe ECOGEN. Il est chargé de la caractérisation aux niveaux génomique, écologique et phénotypique de 168 populations d’Arabidopsis thaliana dans la région Sud-Ouest de la France, et des communautés végétales et microbiennes associées. Pour celà, il met en place des méthodologies innovantes, notamment basées sur les techniques de séquençage à haut-débit les plus récentes.

Mots clés

 
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Chrystel GIBELIN-VIALA

Assistante Ingénieure INRAE

ECOGEN

SUJETS DE RECHERCHE

Chrystel Gibelin-Viala a été recrutée à l’INRA Poitou-Charentes en 2000. Elle a travaillé au laboratoire de Biologie Moléculaire de l’URP3F, unité qui travaille sur le fonctionnement des peuplements fourragers pérennes dans les prairies. Elle a rejoint le LIPME en 2009 au sein du groupe de Clare Gough et Julie Cullimore, où elle a étudié la mycorrhization à arbuscules à partir de mutants potentiels de mycorrhization. Elle a également travaillé sur les nouvelles approches génétiques pour analyser le contrôle du spectre d’hôte dans la symbiose rhizobium-légumineuses. Depuis janvier 2020, elle a intégré l’équipe ECOGEN. Sa principale mission s’inscrit dans la thématique des interactions plante-microbiote-pathobiote de l’équipe. L’un de ses principaux objectifs est de contribuer à la caractérisation et compréhension du dialogue moléculaire entre Arabidopsis thaliana et son cortège bactérien. Chrystel a des compétences en biologie moléculaire (extraction d’ADN, PCR, génotypage), microscopie, biologie des plantes (suivi des plantes, mise en place d’expérimentations, phénotypage) et microbiologie.

Mots clés

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Béatrice GABINAUD

Technicienne de Recherche INRAE

ECOGEN

SUJETS DE RECHERCHE

Béatrice a intégré INRAE en 1993 à l’école vétérinaire de Nantes, après une maîtrise de biologie des organismes et des populations et un DEA de parasitologie. Ses missions portaient sur la chirurgie des animaux modèles (dystrophie musculaire de Duchêne), les cultures primaires de cellules satellites, l’histologie et la microscopie (analyse d’images). Après une mobilité en 1999 dans l’UMR GenPhySE (Génétique,Physiologie et Systèmes d’Elevage), elle travaille 7 ans sur la qualité de la viande puis 14 ans sur la caractérisation du microbiote des écosystèmes digestifs d’animaux d’élevage en préparant les prélèvements pour le séquençage (extraction d’ADN, PCR, qPCR, microbiologie).

Par souhait de reconversion sur le végétal, Béatrice a rejoint l'équipe ECOGEN à mi-temps en Septembre 2020, et ses missions principales sont le suivi des plantes dans le cadre de projets terrain ou en serre et la caractérisation moléculaire des interactions plante-plante interspécifiques (Arabidopsis thaliana avec 4 espèces associées).

Son autre mi-temps lui permettra de renforcer l’équipe du service de Production et Expérimentation des Végétaux du LIPME.

Mots clés

 
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Rémy ZAMAR

Technicien de Recherche INRAE

ECOGEN

SUJETS DE RECHERCHE

Après avoir effectué un BEP en production horticole (Pépinière), Rémy Zamar a réalisé un BAC Pro Travaux Paysagers. Depuis juillet 2018, Rémy met à profit ses multiples compétences en expérimentation et production végétale sur les projets successifs suivants: OPTIMA (Tester l'adaptation locale au climat, au sol et au microbiote chez Arabidopsis thaliana), PLANTSYS (Prédire le phénotype d’une plante par une approche de biologie des systèmes chez Arabidopsis thaliana) et DEEP-IMPACT (Analyse des interactions plante-microbiote pour promouvoir la défense des plantes contre les bio-agresseurs chez le colza et le blé).

Mots clés

 
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Choghag DEMIRJIAN

Doctorante

ECOGEN

SUJETS DE RECHERCHE

Choghag Demirjian a obtenu son master spécialisé en production végétale à l'Université libanaise en 2016. Elle a effectué son stage de master au « Center for Agricultural Research in the Dry Areas » (ICARDA), où elle a travaillé sur l'identification des QTL de tolérance à la sécheresse dans le blé cultivé. Choghag a rejoint le LIPME en tant que doctorante en janvier 2019, sous la co-direction de Fabienne Vailleau et Richard Berthomé sur le projet intitulé «Deciphering Arabidopsis thaliana responses to Ralstonia solanacearum virulence factors through the study of plant natural variation». Le but de son doctorat est d’étudier des effecteurs de type III intéressants de Ralstonia solanacearum et de caractériser leur rôle dans la réponse des plantes en utilisant la variation naturelle des plantes.

Mots clés

 
 
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Daniela RAMIREZ-SANCHEZ

Doctorante

ECOGEN

SUJETS DE RECHERCHE

Daniela a obtenu un baccalauréat en génie biotechnologique en 2013, puis elle a obtenu son diplôme de master en génétique et biologie moléculaire au « center for research and advanced studies » (Cinvestav) à Mexico en 2016, où elle a étudié la fonctionnalité du microbiote du côlon distal de la population mexicaine. En 2017, elle a travaillé dans une entreprise de développement de produits pharmaceutiques au Mexique en tant que coordinatrice des essais cliniques. Elle a rejoint le LIPME en octobre 2019 pour débuter sa thèse sous la direction de Fabrice Roux et Fabienne Vailleau visant à établir chez Arabidopsis thaliana une carte génomique de l'adaptation locale aux principales espèces de bactéries foliaires présentes dans le Sud-Ouest de la France.

Mots clés

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Mots clés

Marie INVERNIZZI

Doctorante

ECOGEN

SUJETS DE RECHERCHE

Marie Invernizzi a rejoint l’équipe ECOGEN en Octobre 2020 pour un doctorat sous la direction de Dominique Roby et Mathieu Hanemian sur les interactions plantes-plantes. Le projet vise à comprendre les voies contrôlant la réponse à la compétition chez Arabidopsis thaliana.

FORMATION

Elle a obtenu sa licence en Biologie des populations et des organismes à l’Université de Toulouse en 2017. Elle a ensuite effectué un Master en sciences végétales à l’Université de Toulouse en 2019. Dans ce cadre, elle a effectué un stage dans l’équipe de Dominique Roby au LIPM sur l'analyse fonctionnelle des voies de résistance quantitative à Xanthomonas campestris pv. campestris chez Arabidopsis thaliana. A la suite de son Master, elle a travaillé 1 an chez Syngenta en tant que chef de projet dans l’équipe Pathologie Maïs Europe, sur les mycotoxines et l’étude génomique de la réponse à la fusariose du maïs.

FINANCEMENTS RECENTS

Sa thèse est co-financée par INRAe et la région Occitanie.

MEMBRE COMITE

  • Marie est membre du comité Développement Durable, et du comité Hygiène et sécurité du LIPME.

LIENS

HOBBY

« J’aime mes plantes et mes chats. Je dessine, lis beaucoup, et suis passionnée par l’histoire et l’astronomie. Mon dinosaure préféré est le Triceratops, si vous vous le demandez. ».

 
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Rémi DUFLOS

Doctorant

ECOGEN

SUJETS DE RECHERCHE

Rémi Duflos a obtenu son diplôme d'ingénieur agronome de l'INP-ENSAT (École Nationale Supérieure Agronomique de Toulouse) spécialisation « Agrobiosciences Végétales » en double diplôme avec le master Adaptation, Développement et Amélioration des plantes en présence de Microorganismes (ADAM) de l’Université Toulouse Paul Sabatier en 2021. Il a réalisé son projet de fin d’étude au sein de l’équipe ECOGEN, encadré par Fabienne Vailleau et Fabrice Roux. Ce projet avait pour sujet l’établissement d’une carte génomique adaptative d’Arabidopsis thaliana en réponse aux principaux membres de ses communautés bactériennes foliaires dans l’ex-région Midi-Pyrénées. Son doctorat s’inscrit dans la continuité de ce projet : dans un premier temps en réalisant l’analyse fonctionnelle de gènes candidats identifiés  chez A. thaliana ; et dans un second temps en identifiant, chez Pseudomonas koreensis, des gènes bactériens régissant le dialogue génétique et moléculaire avec A. thaliana.

Mots clés

 
 
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Roxane LION

Assistante Ingénieure CDD CNRS

ECOGEN

SUJETS DE RECHERCHE

Après l’obtention d’une Licence Professionnelle en biologie moléculaire à l’IUT de Mont-de-Marsan, Roxane a été recrutée en CDD à l’INRA de Bordeaux au sein de l’unité Biologie du fruit et Pathologie. Elle a travaillé dans l’équipe Virologie sur le projet ANR Potymove où elle a étudié les gènes impliqués dans la résistance au virus TuMV ainsi que son mouvement dans le modèle Arabidopsis thaliana. Depuis novembre 2021, elle a intégré l’équipe ECOGEN pour travailler sur le projet ERC Pathocom.

Mots clés

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Paloma DURÁN

Post-doctorante

ECOGEN

SUJETS DE RECHERCHE

Paloma comes from Spain and studied Biology at the University of Salamanca. For her PhD, she moved to the MPIPZ in Cologne, Germany, and worked in the groups of Paul Schulze-Lefert and Stéphane Hacquard. There, she studied the multikingdom microbial communities associated with roots of natural Arabidopsis thaliana populations across Europe and the impact of microbial interactions on plant health. She was then then granted a Postdoctoral Fellowship with CEPLAS and moved to the group of Ruben Garrido Oter, also at the MPIPZ. There, she studied the microbiota composition and interactions at the phycosphere of the model microalgae Chlamydomonas reinhardtii, and investigated the microbial composition overlap with land plants. She is now part of the ECOGEN lab, where she will study the pathobiota of A. thaliana natural populations, investigating the host and microbial genetic factors, as well as environmental cues, that underlie these interactions.

Relevant publications

Durán, P., Flores-Uribe, J., Wippel, K., Zhang, P., Guan, R., Melkonian, B., Melkonian, M. & Garrido-Oter, R. (2022). Nat Commun 13, 406

Thiergart, T., Durán, P., Ellis, T. et al. (2020) Root microbiota assembly and adaptive differentiation among European Arabidopsis populations. Nat. Ecol. Evol. 4, 122–131.

Durán, P., Thiergart, T., Garrido-Oter, R., Agler, M., Kemen, E., Schulze-Lefert, P., & Hacquard, S. (2018). Microbial interkingdom interactions in roots promote Arabidopsis survival. Cell, 175(4), 973-983.

Hassani, M. A., Durán, P., & Hacquard, S. (2018). Microbial interactions within the plant holobiont. Microbiome, 6(1), 58.

Mots clés

 
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Sonia SILVA

Assistante Ingénieure CDD CNRS

ECOGEN

SUJETS DE RECHERCHE

Sonia a obtenu Master en Biotechnologie, Biologie moléculaire et Microbiologie à l’université de Toulouse. Elle a ensuite travaillé deux années pour TWB (Toulouse White Biotechnologie) au sein de la plateforme Ingénierie de souches à haut débit où elle travaillait sur l’ingénierie génétique bactérienne, de levures et micro-algues. Depuis mars 2022, elle a intégré l’équipe ECOGEN pour travailler sur le projet ERC Pathocom.

 

Lien externe

https://www.linkedin.com/in/sonia-silva-ba9796171/

Mots clés

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Oriane BESSET

Technicienne de recherche CDD INRAE

ECOGEN

SUJETS DE RECHERCHE

Oriane a obtenu sa licence en biologie avec spécialisation en écologie à l'université de Montréal en 2018 et a ensuite obtenu un master en gestion de l'environnement à l'université de Sherbrooke en 2021. Durant ces années passées au Québec, Oriane a travaillé chez PRISME consortium en tant que dépisteuse environnementale dans des champs de cultures maraichères. L'objectif étant de suivre l'évolution des maladies, des plantes adventices, des ravageurs et des désordres afin de proposer des recommandations aux producteurs. Dans un deuxième temps, elle a obtenu un poste au Ministère des Transports du Québec en tant que biologiste pour travailler sur les études d'impact environnemental en cours et participer aux études sur le terrain.  De retour en France, Oriane à rejoint l'équipe ECOGEN en juin 2022 pour travailler sur le projet DEEP-IMPACT.

Mots clés

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Anciens membres

Visiting scientists

Hanna Susi (University of Helsinki) 2022

 

Post-docs

Claudia Bartoli - post-doc (2014-2016)

Ullrich Dubiella - post-doc (2015-2018)

Tatiana Vernié- post-doc (2017-2018)

Florent Delplace - post-doc (2020-2021)

 

Doctorant(e)s

Romain Villoutreix (2010-2013)

Etienne Baron (2011-2014)

Lea Frachon (2014-2017)

Cyril Libourel (2015-2019)

Nathalie Aoun (2016-2019)

Lorenzo Favale (2017)

Jaishree Subrahmaniam (2017-2020)

Florent Delplace (2017-2020)

Nargess Razavi (2017-2021)


 

Etudiant.e.s

Cyril Libourel - Master 2 (2015)

Eve Coutant - Master 1 (2015)

Arnaud Chevalier-Mairet - Master 1 (2016)

Wijmer Taeken - Master 1 (2016)

Thomas Dussarat - Master 1 (2017)

Arnaud Chevalier-Mairet - Master 2 (2018)

Laurie Thailades - Master 1 (2019)

Alexandre Boubegtitène - Master 2 (2021)

Rémi Duflos - Master 2 (2021)

Paul Baumet - Master 1 (2021)

Manon Pradel - Master 1 (2021)