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Tel +33(0)61 28 53 24
Mots clés
biologie moléculaire, génétique reverse, microscopie et imagerie cellulaire, Medicago, rhizobia, facteurs de transcription, communication et signalisation cellulaire
Fernanda de Carvalho-Niebel
Directeur de recherche DR2 CNRS
Équipe ENOD
SUJETS DE RECHERCHE
Interactions plantes-microorganismes, symbioses racinaires.
PRESENTATION
Fernanda est co-group leader de l'équipe ENOD et responsable de l'axe de recherche sur les infections endosymbiotiques de l'équipe. Elle a commencé sa carrière scientifique à Gand (Belgique) où elle a obtenu son doctorat en travaillant dans le laboratoire de génétique de l'Université de Gand, dirigé par Marc Van Montagu. Son travail de doctorat portait sur l'étude de la régulation des « pathogenesis-related » ß-1,3-glucanases, au cours duquel elle a découvert et caractérisé un nouveau phénomène de Post-Transcriptional Gene Silencing (PTGS) chez les plantes. Elle a rejoint le LIPME en tant que post-doc EMBO pour lancer un nouveau projet visant à comprendre la signalisation précoce pendant l'établissement de la symbiose rhizobia-légumineuses. Dans ce cadre, elle a caractérisé de nouveaux gènes de Medigaco truncatula induits par les facteurs Nod sécrétés par les rhizobia, puis, en tant que chercheuse au CNRS, elle a mené des études fonctionnelles sur des promoteurs de gènes symbiotiques qui l’ont conduit à l'identification des séquences régulatrices cis et des facteurs de transcription symbiotiques sous-jacents, qu'elle a ensuite caractérisés. Ses recherches combinent actuellement la génomique fonctionnelle et des approches basées sur la microscopie pour étudier les régulateurs clés, les mécanismes cellulaires et le dialogue bactérien qui sous-tendent l'infection par les rhizobia.
FINANCEMENTS RECENTS
Live-Switch PRCI-ANR (2020-2023); CREPE-SPE-INRAE (2020-2022); FRAIB-AO-INTERUNITE-CROSS (2019-2022).
COLLABORATIONS
A. Becker (SYNMIKRO, Marburg, Germany); E. Larrainzar (University of Navarra, Pamplona, Spain); M. Marín (LMU, Munich, Germany); Peter Kaló (NAIK, Gödöllő, Hungary) ; F. Cartieaux, V. Hocher & S. Svistoonoff (LSTM, Montpellier); P. Frendo & E. Boncompagni (ISA, Sophia-Antipolis); R. Peyraud (iMEAN, Toulouse); N. Frei-Dit-Frey, P-M. Delaux & E. Jamet (LRSV, Toulouse).
ENSEIGNEMENT
-Master International LABEX-TULIP (cours à venir), Master ADAM-Toulouse (tutorats), cours doctorants (La Plata Argentine, 2017).
-Encadrement de Post-docs/Doctorants et Masters.
MEMBRE COMITE
-Membre nommée du Conseil Scientifique du département SPE-INRAE.
-Membre des comités d’animation des réseaux nationaux INRAE SYMBIPHYT (depuis 2021) et SYMBIFIX (2018-2020).
-Membre nommée du Conseil Scientifique du LABEX−TULIP et co-responsable scientifique du projet phare du LABEX−TULIP « Reconnaissance et Signalisation Reprogrammation symbiotique »
- Membre du comité de recrutement des chercheurs CRCN de l'INRAE-BAP concours BAP-CRCN (2020).
- Membre des jurys de recrutement de professeurs ou Maitre de Conférences (Nice, Montpellier, Toulouse).
- Evaluateur externe pour postes de professeur et « group leader » (UK, Danemark).
ACTIVITE EDITORIALE
-Révision de manuscrits (Nature Plants, Nature Comm, Plant Cell, New Phytol…) et projets (DFG, NSF…).
PRODUCTION SCIENTIFIQUE
Tel +33(0)61 28 53 27
Mots clés
Symbiotic nodule development, transcription factors, non-coding RNAs, transcriptional and epigenetic regulation of nodulation
Andreas Niebel
Directeur de Recherche DR2 CNRS
Équipe ENOD
SUJETS DE RECHERCHE
Nous travaillons sur le contrôle génétique et épigénétique du développement des nodosités symbiotiques chez Medicago truncatula.
FORMATION
Andreas a obtenu son doctorat à l'Université de Gand en 1994 dans le laboratoire de Marc van Montagu, en étudiant les cellules nourricières géantes induites dans les racines des plantes par des nématodes endoparasites. En tant que post-doctorant de l'EMBO, il a ensuite travaillé sur l'interaction symbiotique légumineuse-Rhizobium, au LIPM où il a ensuite été recruté comme chercheur par le CNRS.
FINANCEMENTS RECENTS
ANR PIOSYM (2020-2024); CNRS-LIA (International associated laboratory) France-Argentina NOCOSYM (2018-2021). MYCONODISLAND (FRAIB; 2021-2022).
COLLABORATIONS
International: F. Ariel (Instituto de Agrobiotecnología del Litoral (IAL), Santa Fe, Argentina); F. Blanco & E. Zanetti (Instituto de biotechnologia y biologia molecular (IBBM), La Plata, Argentina); E. Larrainzar (Public University of Navarra (UPNA), Spain; K. Szczyglowski (University of Western Ontario, Canada); Senjuti Sinharoy (National Institute of Plant Genome Research, New Delhi, India). National: M. Benhamed, M. Crespi, F. Frugier (IPS2, Paris-Saclay);
ENSEIGNEMENT
3-6H/an en Master
ACTIVITE EDITORIALE
Je révise des manuscrits pour Plant Cell, Plant physiology, Plos Genetics, Nature plants, Trends in Plant Sciences et New Phytologist.
PRODUCTION SCIENTIFIQUE
LIENS
Twitter: @andreas_niebel
HOBBY
Vélo, course à pied, natation, triathlon, randonnée en montagne
Tel +33(0)61 28 50 51
Mots clés
Symbiose Légumineuse-Rhizobium, Medicago truncatula, Sinorhizobium meliloti, microscopie électronique
Marie-Christine Auriac
Ingénieur d'étude IE CNRS
Équipe ENOD
SUJETS DE RECHERCHE
Interactions biotiques de plantes avec des symbiotes et des pathogènes, abordées par des approches de cytologie et microscopie
FORMATION
Doctorat de biologie et physiologie végétales - Formation en microscopie photonique et électronique
COLLABORATIONS
- Mireille Chabaud (LIPME, Equipe SPI), sur l'interaction Tournesol/Orobanche
- Jean-Marc Routaboul (LIPME, Equipe SIX), sur la visualisation des hydathodes de Brassicaceae.
PRODUCTION SCIENTIFIQUE
Tel +33(0)61 28 55 08
Mots clés
Symbiose Légumineuse-Rhizobium, Medicago truncatula, Sinorhizobium meliloti, microbiologie moléculaire, biologie synthétique
Anne Bennion
Doctorante en visite
Équipe ENOD
SUJETS DE RECHERCHE
Symbiose rhizobium-légumineuses, microbiologie moléculaire, biologie synthétique
FORMATION
Licence en biologie moléculaire à la Brigham Young University (2019),
Doctorante à l'International Max Planck Research School for Environmental, Cellular and Molecular Microbiology
COLLABORATIONS
Ludwig Maximilian University Munich (DE),
SynMikro - Center for Synthetic Microbiology, Marburg (DE)
LIPME, Toulouse (FR)
PRODUCTION SCIENTIFIQUE
Wang, L. Xu, G., Li, L., Ruan, M., Bennion, A., Wang, G.L., Li, R., Qu, S. (2023). The OsBDR1-MPK3 module negatively regulates blast resistance by suppressing the jasmonate signaling and terpenoid biosynthesis pathway. Procedings of the National Academy of Sciences 120:12. DOI: 10.1073/pnas.2211102120
Li, R., Schuman, M.C., Wang, Y., Llorca, L.C., Bing, J., Bennion, A., Halitschke, R., and Baldwin, I.T. (2018). Jasmonate signaling makes flowers attractive to pollinators and repellant to florivores in nature. Journal of Integrative Plant Biology 60:190-194. DOI: 10.1111/jipb.12607
%202-2.jpg)
Matthias Benoit
CRCN INRAE
Équipe ENOD
SUJETS DE RECHERCHE
Régulation épigénétique des symbioses plantes-microbes : Nous étudions le rôle des modifications et régulateurs épigénétiques dans la mise en place des symbioses entre plantes et microorganismes. En particulier, nous explorons les mécanismes moléculaires par lesquels les longs ARNs non-codants participent au remodelage de la transcription et de la structure de la chromatine au cours du développement du nodule, organe symbiotique fixateur d’azote produit de la symbiose entre légumineuses et bactéries de type rhizobia. Pour cela, nous combinons des approches de biologie moléculaire, de génétique, de transcriptomique, d’épigénomique, et de microscopie.
Tel +33(0)61 28 53027
FORMATION
Mots clés
Épigénétique, génomique, chromatine, expression génique, ARNs non-codants, éléments transposables, symbioses, Medicago, rhizobia
Matthias Benoit a obtenu son Doctorat en Physiologie et Génétique Moléculaire dans le laboratoire Genetics, Reproduction and Development (GReD, Clermont-Ferrand, France), supervisé par Dr. Aline V. Probst. Ses travaux ont démontré l’importance des variants d’histones dans l’organisation de la chromatine aux cours des transitions développementales chez les plantes, notamment durant le développement précoce de la plante modèle Arabidopsis thaliana. Il a ensuite rejoint The Sainsbury Laboratory Cambridge University (SLCU, Cambridge, UK) et l’équipe de Jurek Paszkowski pour étudier les mécanismes épigénétiques et environnementaux impliqués dans le contrôle des éléments transposables chez les plantes cultivées. Matthias a complété sa formation en rejoignant l’équipe de Zach Lippman (Cold Spring Harbor Laboratory, New York, USA) pour mener des travaux sur l’importance de la variation épigénétique et structurale au cours de la domestication et de l’histoire évolutive de la tomate.
COLLABORATIONS
- Marco Catoni (University of Birmingham, UK);
- Hajk-Georg Drost (Max Planck Institute for Biology Tübingen, Germany);
- Frédéric Pontvianne (LGDP Perpignan, France);
- Sébastien Carrère (LIPME, Toulouse, France).
ACTIVITE EDITORIALE
Assistant Features Editor for The Plant Cell (2020-2021).
Plantae Fellow (2017-2019)
Reviewer pour PLOS Genetics, The Plant Cell, Journal of Experimental Botany, New Phytologist, BMC Biology, BMC Genomics, entre autres.
PRODUCTION SCIENTIFIQUE
https://scholar.google.com/citations?user=PmUvSH4AAAAJ&hl=en
LIENS
Twitter : @Matt_Ben_
ResearchGate : www.researchgate.net/profile/Matthias-Benoit
Tel +33(0)61 28 53 27
Mots clés
NF-YA1, transcription facteur pionnier, Modificateur de chromatine, Proximity labeling
Thi Thu Dang
Post-Doctorante
Équipe ENOD
SUJETS DE RECHERCHE
Je travaille sur le facteur de transcription pionnier NF-YA1 dans les nodules symbiotiques
FORMATION
Thi Thu Dang a obtenu son doctorat dans le laboratoire Plant Molecular Genetics, Nara Institute of Science and Technology (NAIST, Japan), 2009-2013. Son projet de thèse consistait à caractériser la Constitutively Active OsRac1 (CA-OsRac1), un régulateur clé de l'immunité chez le riz, généré par recombinaison homologue. De 2015 à 2017, Thu a fait son premier post-doc dans le laboratoire Plant Immunity Signaling, Shanghai Center for Plant Stress Biology, China. Elle y a continué son travail par une étude du régulateur OsGAPC3, en aval de OsRAC1, qui joue un rôle important dans la voie du NO et la modification d'histones. De 2017 à 2020, elle a rejoint l'équipe Conserto à l'INRAE d'Angers pour son second postdoc. Son projet portait sur l'identification du réseau de protéines qui régule ABI4, un facteur de transcription contrôlant le contenu en chlorophylle des graines et la longévité. Depuis Octobre 2020, Thu a rejoint l'équipe ENOD pour travailler sur le projet ANR 'PIOSYM' qui a pour but l'évaluation de l'importance de NF-YA1 comme facteur de transcription pionnier régulant la formation de nodules symbiotiques chez Medicago.
FINANCEMENTS RECENTS
ANR PIOSYM (2020-2023)
PRODUCTION SCIENTIFIQUE
-
Thu Thi Dang, Zenpei Shimatani, Yoji Kawano, Rie Terada, Ko Shimamoto. Gene editing a constitutively active OsRac1 by homologous recombination-based gene targeting induces immune responses in rice. Plant and Cell Physiology, Volume 54, Issue 12, December 2013, Pages 2058–2070
-
Julia Zinsmeister, Souha Berriri, Denise Puntel Basso, Benoit Ly-Vu, Thi-Thu Dang, David Lalanne, Edvaldo Aparecido Amaral da Silva, Olivier Leprince, Julia Buitink. The seed-specific heat shock factor A9 regulates the depth of dormancy in Medicago truncatula seeds via ABA signaling. Plant Cell Environ. 2020;1–15.
-
Akira Akamatsu, Masayuki Fujiwara, Satoshi Hamada, Megumi Wakabayashi, Ai Yao, Qiong Wang, Ken-ichi Kosami, Thu Thi Dang, Takako Kaneko-Kawano, Ko Shimamoto, Yoji Kawano. The Small GTPase OsRac1 forms two distinct immune receptor complexes containing the PRR OsCERK1 and the NLR Pit. July 2020. Plant and Cell Physiology. DOI: 10.1101/2020.07.01.183301
LIENS
HOBBY
Photographie, Calligraphie
Tel +33(0)61 28 50 51
Anaïs Delers
Doctorante
Équipe ENOD
SUJETS DE RECHERCHE
Étude du rôle de protéines de polarité cellulaire végétale dans les symbioses légumineuses-rhizobia
FORMATION
Master de Biologie Végétale ADAM (Adaptations, développement, amélioration des plantes, en association avec des microorganismes) à l’Université Paul Sabatier de Toulouse (2020-2022)
Mots clés
Symbioses légumineuse-Rhizobium, polarité cellulaire
Tel +33(0)61 28 53 24
Mots clés
Symbiose Rhizobium-Légumineuses, cordons d'infection, microscopie confocale in vivo, Medicago truncatula, Sinorhizobium meliloti, endosymbioses, biologie cellulaire
Joëlle Fournier
CRHC CNRS
Équipe ENOD
SUJETS DE RECHERCHE
Mécanismes cellulaires de la colonisation rhizobienne des légumineuses
FORMATION
Doctorat de l'Université de Toulouse en Physiologie Végétale (1989)
FINANCEMENTS RECENTS
Live-Switch PRCI-ANR (2020-2023); CREPE-SPE-INRAE (2020-2022)
COLLABORATIONS
A. Becker (SYNMIKRO, Marburg, Germany); M. Marín (LMU, Munich, Germany); F. Cartieaux, V. Hocher & S. Svistoonoff (LSTM, Montpellier); R. Peyraud (iMEAN, Toulouse).
ENSEIGNEMENT
Contribution au Master 2 ADAM (Adaptation, Développement et Amélioration des plantes en présence de Microorganismes) de l'Université Toulouse III
PRODUCTION SCIENTIFIQUE
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Mots clés
Symbiose Légumineuse-Rhizobium, biologie moléculaire, clonage, culture des plantes, transformation des plantes
Lisa Frances
TREX INRAE
Équipe ENOD
SUJETS DE RECHERCHE
Symbiose Légumineuse-Rhizobium. Je participe aux activités de recherche de l’équipe dans le thème « régulation et dynamique de l'infection rhizobienne »
FORMATION
DUT génie biologique ( Agronomie) en 1999, puis Diplôme universitaire de Responsable en Biotechnologie végétale (2000), Université de Perpignan
PRODUCTION SCIENTIFIQUE
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Ambre Guillory
Post-doctorante
Équipe ENOD
SUJETS DE RECHERCHE
Je participe aux axes de recherche de la thématique « Régulation et dynamique de l'infection rhizobienne », principalement dans l’étude des stades précoces de l’infection des poils racinaires par microscopie confocale in vivo. Dans le cadre du projet collaboratif Live-Switch, nous étudions notamment la reprogrammation cellulaire du symbionte Sinorhizobium meliloti au cours de ces étapes précoces, en particulier afin de la corréler avec la reprogrammation des cellules végétales en cours d’infection.
FORMATION
Mots clés
Endosymbioses, Biologie Cellulaire, Interaction modèle Medicago truncatula/Sinorhizobium meliloti, Microscopie Confocale in vivo, Processus d’infection
Licence en biologie cellulaire et physiologie (Paris VII, 2015),
Master en sciences du végétal (Paris VII, 2017),
Doctorat en biologie végétale (Paris Saclay, 2020)
COLLABORATIONS
Macarena Marín, LMU, Institute of Genetics, Munich
Anke Becker, UMR, SYNMIKRO and Faculty of Biology, Marburg
PRODUCTION SCIENTIFIQUE
https://orcid.org/0000-0002-5836-4582
- Guillory A, Bonhomme S. Methods for Medium-Scale Study of Biological Effects of Strigolactone-Like Molecules on the Moss Physcomitrium (Physcomitrella) patens. Methods Mol Biol. 2021;2309:143-155. doi: 10.1007/978-1-0716-1429-7_12. PMID: 34028685.
- Lopez-Obando M, Guillory A et al. The Physcomitrium (Physcomitrella) patens PpKAI2L receptors for strigolactones and related compounds highlight MAX2 dependent and independent pathways, bioRxiv 2020.11.24.395954; doi: https://doi.org/10.1101/2020.11.24.395954
Tel +33(0)61 28 53 27
Mots clés
Développement des nodules symbiotiques, facteurs de transcription, non-coding RNAs, régulation transcriptionnelle et épigénétique de la odulation, microscopie, techniques de cytologie, Technovit
Agnès Lepage
AI CNRS
Équipe ENOD
SUJETS DE RECHERCHE
Je participe au travail sur le contrôle génétique et épigénétique du développement des nodosités symbiotiques chez Medicago truncatula, dans les cadre des projets dirigés par Andreas Niebel (PIOSYM, NOCOSYM, MYCONODISLAND)
FORMATION
Formation
PRODUCTION SCIENTIFIQUE