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Tel +33(0)561285525

Mots-clés

Experimental evolution, adaptive potential, fitness measure, genomic polymorphisms, transcriptomic variation, bacterial plant pathogen, Ralstonia solanacearum, pathogen effectors.

Stéphane GENIN

DR1 CNRS, HDR, Responsable de l'équipe RAP

SUJETS DE RECHERCHE

Pathogénie et adaptation de Ralstonia solanacearum à ses plantes hôtes

FORMATION

  • 1993 : doctorat de l'Université Paris XI-Orsay

  • 1993-1995 : Postdoctorat  au Département de Génétique de l'Université de Munich dans le laboratoire du Professeur Regine Kahmann.

PRODUCTION SCIENTIFIQUE

Orcid:  0000-0003-2498-2400

 
 
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Tel +33(0)561285592

Mots clés

Nemo PEETERS

DR2 INRAE, Directeur Adjoint LIPME

SUJETS DE RECHERCHE

Je développe deux axes de recherche dans l'équipe. Le premier  se focalise sur l'identification des cibles végétales des effecteurs de type III de Ralstonia solanacearum et leur contribution dans l'immunité de la plante et la maladie. A cette fin, j'utilise une approche d'interraction des protéines à grande échelle et la génétique fonctionnelle des plantes. Mon second axe de recherche consiste à développer des marqueurs WITS chez R. solanacearum afin d'être capable de quantifier les contraintes à l'entrée du pathogène dans la plante et sa progression. J'envisage d'utiliser cette technique pour mieux comprendre diverses fonctions bactériennes, diverses fonctions végétales mais aussi l'importance de l'environnement dans le cycle de l'infection.

FORMATION

  • 2007: HDR, « Habilitation à diriger des recherches » , Université de Toulouse                                

  • 2000: Doctorat cellule de plante et physiologie moléculaire , Université de Paris XI, Orsay
    Sujet : Fonction et Localisation d'aminoacyl-tRNA synthétases dans les organelles de plantes.
    Directeur : Dr Ian Small.

  • 1996: DEA (M2) cellule de plante et physiologie moléculaire, Université de Paris XI, Orsay                     

FINANCEMENTS RECENTS

  • ANR PAPTICROPS

  • ANR PHENOME2

  • PLANT2PRO IPSOPHEN

COLLABORATIONS

Dr Laurent Deslandes, LIPME

Dr Laurent Noel, LIPME

Prof Ding, Southwest University, Chongqing, China

Prof Zhang, Southwest University, Chongqing, China

Dr Macho, Centrer for plant stress biology, Shaghai, China

MEMBRE COMITE

Deputy Director of LIPME (DUA)

PRODUCTION SCIENTIFIQUE

ORCID # 0000-0002-1802-0769;

ResearchID # A-2488-2012

39 publications, 4573 total times cited, h-index=23

Landry D., Mila I., Sabbagh C. R. R., Zaffuto M., Pouzet C., Tremousaygue D., Dabos P., Deslande L. and Peeters N. An NLR Integrated Domain toolkit to identify plant pathogen effector targets, 2021

https://doi.org/10.1101/2021.08.23.457316 Not yet peer-reviewed

 

Gerlin L, Escourrou A, Cassan C, Maviane Macia F, Peeters N, Genin S, Baroukh C. Unravelling physiological signatures of tomato bacterial wilt and xylem metabolites exploited by Ralstonia solanacearum. Environ Microbiol. 2021 Apr 19. doi.org/10.1111/1462-2920.15535. Epub ahead of print. PMID: 33876545.

 

LIENS

effectorK, database of Arabidopsis - pathogen effector interactions.

T3E db, database of type III effectors from R. solanacearum

SCIENCE ET SOCIETE

Comment  être un bon pathogène, trois exemples illustrés des ruses utilisées par des pathogènes bactériens.                                                                 

Prof Gregory Cans. Lycée Vincent Auriol, Revel, 30 oct 2020.

 

Plant of thrones: alliances et trahison ! 

Pint-of-science, Toulouse, 20 mai 2019

Explication à des journaliste en quoi consiste le phénotype de plante.

European Science Open Forum, Toulouse, Juillet 2018

           

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Alice GUIDOT

CRCN INRAE,

SUJETS DE RECHERCHE

J’étudie les bases moléculaires de l’adaptation à la plante hôte chez la bactérie phytopathogène Ralstonia solanacearum par une approche d’évolution expérimentale. Pour cela, j’ai fait évoluer la souche GMI1000 de cette bactérie en effectuant des passages en série sur une plante hôte fixée pendant plus de 300 générations. J’ai mené cette expérience sur 5 espèces de plantes différentes et généré 5 lignées d’évolution par plante. Je m’intéresse à la fois aux modifications génétiques et aux modifications épigénétiques (méthylation de l’ADN) qui contribuent au processus adaptatif.

Tel +33(0)561285518

FORMATION

Mots clés

Adaptation bactérienne, évolution expérimentale, mutation adaptative, génomique, transcriptomique, épigénétique bactérienne, méthylation de l’ADN, bactérie phytopathogène, Ralstonia solanacearum

2019                   HDR (Habilitation à Diriger les Recherches) à l’Université Toulouse 3

2008-2010          Postdoctorat au LIPME, Toulouse, sur l’évolution expérimentale de                               Ralstonia solanacearum

2004-2008          Postdoctorat au CIRAD de la Réunion, sur la génomique                                                 comparative de Ralstonia solanacearum

2001-2004          Postdoctorat à l’Université d’Uppsala en Suède sur la dynamique                                   des populations des champignons Daldinia loculata et Lactarius                                     mammosus

1997-2000         Thèse au laboratoire d’Ecologie Microbienne de l’Université Lyon 1,                              sur les populations d’un champignon ectomycorhizien, Hebeloma                                 cylindrosporum

1997                   DEA Ecologie Microbienne à l’Université Lyon 1

FINANCEMENTS RECENTS

2017-2023          Rôle des modifications épigénétiques chez une bactérie                                                       phytopathogène (ANR PRC)

2017                    Modifications épigénétiques durant l’adaptation à la tomate résistante                             (FRAIB - LabEx TULIP)

2016-2017          Discrimination des populations bactériennes via le profil de                                                 méthylation (INRA SPE)

2015-2016          Rôle du régulateur de transcription, efpR, chez Ralstonia solanacearum                             (INRA SPE)

COLLABORATIONS

- Delphine Capela et Philippe Remigi, LIPME, Toulouse

- Yann Pécrix et Stéphane Poussier, UMR PVBMT, CIRAD, Saint-Pierre de La Réunion

- Julien Brillard et Alain Givaudan, DGIMI, Montpellier

- Pédro Oliveira, Génoscope, Evry

MEMBRE COMITE

2020-2024          Direction du Comité d’Organisation du congrès national « Rencontres                             Plantes Bactéries », Aussois, 24-28 janvier 2022 / 28 janv – 2 fév 2024

2020-2024          Membre du Conseil Pédagogique du LabEx TULIP, Toulouse

2015-2020          Membre du Comité Scientifique du LabEx TULIP, Toulouse.

2016                   Co-responsable du Comité d’Organisation du congrès international                                 « International Bacterial Wilt Symposium », Toulouse, 3-7 juillet 2016.

PRODUCTION SCIENTIFIQUE

ORCID (0000-0001-5282-4157)

Gopalan-Nair R, Jardinaud M-F, Legrand L, Landry D, Barlet X, Lopez-Roques C, Vandecasteele C, Bouchez O, Genin S, Guidot A. (2020) Convergent Rewiring of the Virulence Regulatory Network Promotes Adaptation of Ralstonia solanacearum on Resistant Tomato. Molecular Biology and Evolution [Internet]. Available from: https://doi.org/10.1093/molbev/msaa320

Perrier A, Barlet X, Rengel D, Prior P, Poussier S, Genin S, Guidot A (2019) Spontaneous mutations in a regulatory gene induce phenotypic heterogeneity and adaptation of Ralstonia solanacearum to changing environments. Environmental Microbiology, 21:3140-3152.

Guidot A (2019) Comment un pathogène bactérien change d’hôte ? In : 101 Secrets du Vivant, CNRS Editions.

Perrier A, Barlet X, Peyraud R, Rengel D, Guidot A, Genin S (2018) Comparative transcriptomic studies identify specific expression patterns of virulence factors under the control of the master regulator PhcA in the Ralstonia solanacearum species complex. Microbial Pathogenesis, 116:273-278.

Morel A, Peeters N, Vailleau F, Barberis P, Jiang G, Berthomé R, Guidot A (2018) Plant pathogenicity phenotyping of Ralstonia solanacearum strains. Methods in Molecular Biology, 1734:223-239.

Erill I, Puigvert M, Legrand L, Guarischi-Sousa R, Vandecasteele C, Setubal JC, Genin S, Guidot A, Valls M (2017) Comparative analysis of Ralstonia solanacearum methylomes. Frontiers in Plant Science, 8:504. doi: 10.3389/fpls.2017.00504.

Jiang G, Peyraud R, Remigi P, Guidot A, Berthomé R, Ding W, Jousset A, Genin S, Peeters N (2016) The population dynamics of a bacterial pathogen after host re-infection affects the founding population size. bioRxiv, 061408; doi: https://doi.org/10.1101/061408.

Perrier A, Peyraud R, Rengel D, Barlet X, Lucasson E, Gouzy J, Peeters N, Genin  S, Guidot A (2016) Enhanced in planta fitness through adaptive mutations in EfpR, a dual regulator of virulence and metabolic functions in the plant pathogen Ralstonia solanacearum. PloS Pathogens, 12(12): e1006044.doi:10.1371/journal.ppat.1006044.

Reboud X, Sicar, D, Bataillon T, Bedhomme S, Dillmann C, Gaba S, Gallet R, Guidot A, Goldringer I, Jasmin JN, Kaltz O, Méry F, Nidelet T, Schneider D, Spor A (2016). Evolution expérimentale. In: Thomas F., Raymond M., Lefevre T., Biologie évolutive (p. 755-790). De Boeck Supérieur Sciences (DBS Sciences). 1000 p.

Pensec F, Lebeau A, Daunay MC, Chiroleu F, Guidot A, Wicker E (2015) Towards the identification of Type III effectors associated with Ralstonia solanacearum virulence on tomato and eggplant. Phytopathology, 105:1529-1544.

Guidot A, Jiang W, Ferdy JB, Thébaud C, Barberis P, Gouzy J,  Genin S (2014) Multihost experimental evolution of the pathogen Ralstonia solanacearum unveils genes involved in adaptation to plants. Molecular Biology & Evolution, 31:2913-2928.

Peeters N, Guidot A, Vailleau F, Valls M (2013) Ralstonia solanacearum, a widespread bacterial plant pathogen in the post-genomic era. Molecular Plant Pathology, 14, 651-662.

Remigi P, Anisimova M, Guidot A, Genin S, Peeters N (2011) Functional diversification of the GALA type III effector family contributes to Ralstonia solanacearum adaptation on different plant hosts. New Phytologist, 192, 976–987.

Coupat-Goutaland B, Bernillon D, Guidot A, Prior P, Nesme X, Bertolla F (2011) Ralstonia solanacearum virulence increased following large interstrain gene transfers by natural transformation. Molecular Plant Microbe Interaction, 24, 497-505.

Macho* AP, Guidot A*, Barberis P, Beuzón CR, Genin S (2010) A competitive index assay identifies several Ralstonia solanacearum Type III effector mutant strains with reduced fitness in host plants. Molecular Plant Microbe Interaction, 23, 1197-1205. *Both authors contributed equally to this work

Remenant B, Coupat-Goutaland B*, Guidot A*, Cellier G, Wicker E, Allen C, Fegan M, Pruvost O, Elbaz M, Calteau A, Salvignol G, Mornico D, Mangenot S, Barbe V, Medigue C, Prior P (2010) Genomes of three tomato pathogens within the Ralstonia solanacearum species complex reveal significant evolutionary divergence. : three original genome sequences for new insights of the species complex. BMC Genomics, 11, 379-395. *Both authors contributed equally to this work

Guidot A, Elbaz M, Carrère S, Siri MI, Pianzzola MJ, Prior P, Boucher C (2009) Specific genes from the potato brown rot strains of Ralstonia solanacearum and their potential use for strain detection. Phytopathology, 99, 1105-1112.

Guidot A, Coupat B, Fall S, Prior P, Bertolla F (2009) Horizontal gene transfer between Ralstonia solanacearum strains detected by comparative genomic hybridization on microarrays. The ISME Journal, 3:549-562.

Högberg N, Guidot A, Jonsson M, Dahlberg A (2009) Microsatellite markers for the ectomycorrhizal basidiomycete Lactarius mammosus. Molecular Ecology Resources, 9:1008-1010.

Guidot A, Prior P, Schoenfeld J, Carrère S, Genin S, Boucher C (2007) Genomic structure and phylogeny of the plant pathogen Ralstonia solanacearum inferred from gene distribution analysis. Journal of Bacteriology, 189:377-387.

Guidot A, Verner MC, Debaud JC, Marmeisse R (2005) Intraspecific variation in use of different organic nitrogen sources by the ectomycorrhizal fungus Hebeloma cylindrosporum. Mycorrhiza, 15:67-177.

Marmeisse R, Guidot A, Gay G, Lambilliotte R, Sentenac H, Combier JP, Melayah D, Fraissinet-Tachet L, Debaud JC (2004) Hebeloma cylindrosporum - a model species to study ectomycorrhizal symbiosis from gene to ecosystem. New Phytologist, 163:481-498.

Guidot A, Johannesson H, Dahlberg A, Stenlid J (2003) Parental tracking in the postfire wood decay ascomycete Daldinia loculata using highly variable nuclear gene loci. Molecular Ecology, 12:1717-1730.

Guidot A, Debaud JC, Marmeisse R (2002) Spatial distribution of the below-ground mycelia of an ectomycorrhizal fungus inferred from specific quantification of its DNA in soil samples. FEMS Microbiology Ecology, 42:477-486.

Guidot A, Debaud JC, Effosse A, Marmeisse R (2004) Below-ground distribution and persistence of an ectomycorrhizal fungus. New Phytologist, 161:539-547.

Guidot A, Debaud JC, Marmeisse R (2003) Nouvelles approches pour l’étude des populations de champignons ectomycorhiziens: typage génétique des mycorhizes et analyse de l’ADN du sol. Les Actes du BRG, 4, 479-489.

Guidot A, Gryta H, Gourbière F, Debaud JC, Marmeisse R (2002) Forest habitat characteristics affect balance between sexual reproduction and clonal propagation of the ectomycorrhizal mushroom Hebeloma cylindrosporum. Oikos, 99:25-36.

Guidot A, Debaud JC, Marmeisse R (2001) Correspondence between genet diversity and spatial distribution of above- and below-ground populations of the ectomycorrhizal fungus Hebeloma cylindrosporum. Molecular Ecology, 10:1121-1131.

Guidot A, Lumini E, Debaud JC, Marmeisse R (1999) The nuclear ribosomal DNA intergenic spacer as a target sequence to study intraspecific diversity of the ectomycorrhizal basidiomycete Hebeloma cylindrosporum directly on Pinus root systems. Applied and Environmental Microbiology, 65:903-909.

 
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Tel +33(0)561285525

Mots clés

Biologie des systèmes, modélisation mathématique, modélisation métabolique, métabolisme, trophisme, tomate, Ralstonia solanacearum, Xylella fastidiosa

Caroline BAROUKH

CRCN INRAE

SUJETS DE RECHERCHE

J’étudie le lien étroit entre métabolisme et virulence. Pour cela, j’utilise des outils de la biologie des systèmes, et plus particulièrement la modélisation métabolique. J’ai également entamé une modélisation de la dynamique infectieuse du pathogène chez la plante. Mon temps de travail est donc divisé entre modélisation et expérimentations qui me permettent de calibrer mes modèles.

FORMATION

2014 – 2016 : Postdoctorat au laboratoire Physiologie et Biotechnologie des Algues (IFREMER), dont 6 mois en tant que visiting scientist à l’Imperial College de Londres (dtp Chemical engineering)

2011 – 2014 : Thèse INRAE - Inria au Laboratoire de Biotechnologie de l’Environnement (INRAE) à Narbonne et dans l’équipe BIOCORE de l’Inria de Sophia-Antipolis.

2010 – 2011 : Bioinformaticienne à Mount Sinai School of Medicine (New York)

2009 - 2010 : MSc Computing for Biomedical Applications, Imperial College de Londres.

2007 - 2010 : Ecole Centrale de Lyon (diplôme d’ingénieur généraliste).

2005 – 2007 : Classes préparatoires (MPSI, MP*)

FINANCEMENTS RECENTS

Financements récents

COLLABORATIONS

Collaborations

MEMBRE COMITE

Élue au conseil scientifique du département SPE.

Élue au conseil scientifique LABEX TULIP.

Élue au conseil du laboratoire.

PRODUCTION SCIENTIFIQUE

Mes publications via ORCID.

HOBBIES

Sur un plan non-professionnel, un de mes passe-temps préféré est la tenue d’un blog de cuisine et de pâtisserie.

 
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Xavier BARLET

IE CNRS

SUJETS DE RECHERCHE

Sujets de recherche

FORMATION

Financements récents

Tel +33(0)561285045

Financements récents

Mots clés

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COLLABORATIONS

Collaborations

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MEMBRE COMITE

Membre comité

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LIENS

Science & Société

SCIENCE ET SOCIETE

Science & Société

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Autres affiliations

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Patrick BARBERIS

AI INRAE

SUJETS DE RECHERCHE

Sujets de recherche

FORMATION

Financements récents

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Financements récents

Mots clés

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Collaborations

ENSEIGNEMENT

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Productions scientifiques

LIENS

Science & Société

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Autres affiliations

 
 
 
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Isabelle MILA

AI INRAE

SUJETS DE RECHERCHE

Je participe à l’étude des cibles de virulence de la bactérie pathogène Ralstonia solanacearum chez la tomate, pour 75% de mon temps. Les 25 % du temps restant sont dédiés à contribuer à la communication du LIPME.

FORMATION

1998  Ingénieur en Biochimie des IAA, CNAM, Paris

1991  Licence Professionnelle en Biotechnologies Végétales, ENFA-UPS Toulouse

Tel +33(0)561285045

Mots clés

PRODUCTION SCIENTIFIQUE

An NLR Integrated Decoy toolkit to identify plant pathogen effector targets

Landry, David; Mila, Isabelle; SABBAGH, Cyrus; Zaffuto,  Matilda; Pouzet, Cécile; Tremousaygue, Dominique; Dabos, Patrick;  Deslandes, Laurent; peeters, nemo (submitted to the Plant Journal, 2021)

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Tel +33(0)561285045

Mots clés

Biologie des systèmes, modélisation métabolique, pathogènes de plante, tomate, xylème, Xylella fastidiosa, Ralstonia solanacearum, réseaux métaboliques

Leo GERLIN

Doctorant SEVAB-UPS

SUJETS DE RECHERCHE

Etude des interactions métaboliques entre plante et bactéries colonisatrices de xylème en utilisant la modélisation par contraintes.

FORMATION

 2018 Ingénieur en Génie Biologique (Master 2), INSA Toulouse.

ENSEIGNEMENT

-TP Chimie des Solutions - INSA Toulouse 1ère année (2018 à 2020)

- Cours et TP Réseaux et modélisation métabolique – Université Paul Sabatier  – Master 2 Bioinformatique et Biologie des Systèmes (2018 à 2020)

PRODUCTION SCIENTIFIQUE

 
 
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David LANDRY

Doctorant SEVAB-UPS

SUJETS DE RECHERCHE

Sujets de recherche

FORMATION

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Tel +33(0)561285045

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Mots clés

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