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LIPME - Laboratoire des interactions plantes-microbes-environnement

UMR CNRS-INRA 2594/441

24, chemin de borderouge- Auzeville

CS 52627

31326 Castanet-Tolosan Cedex

France

Tel

Mots clés

Laurent Deslandes

Fonction

Responsable d'équipe

SUJETS DE RECHERCHE

Sujets de recherche

FORMATION

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Hobbies

 
 
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LIPME - Laboratoire des interactions plantes-microbes-environnement

UMR CNRS-INRA 2594/441

24, chemin de borderouge- Auzeville

CS 52627

31326 Castanet-Tolosan Cedex

France

Tel

Mots clés

Dominique Tremousaygue

Fonction

CRHC

SUJETS DE RECHERCHE

 Je travaille  à la compréhension des mécanismes, génétiques et épigénétiques, impliquant le complexe protéique RRS1/RPS4 ancré sur la chromatine et permettant le déclenchement de la réponse immunitaire. Je participe également à la communication du laboratoire vers le grand public et le scolaire.

FORMATION

Je me suis intéressée pendant plusieurs années à la régulation de l’expression des gènes codant des composants de l’appareil de traduction, puis aux facteurs de transcription de la famille TCP chez la plante modèle Arabidopsis thaliana. J'aid’autre part participé aux programmes de séquençage du génome et des EST d’Arabidopsis.

FINANCEMENTS RECENTS

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Activités éditoriales

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HOBBY

Hobbies

 
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LIPME - Laboratoire des interactions plantes-microbes-environnement

UMR CNRS-INRA 2594/441

24, chemin de borderouge- Auzeville

CS 52627

31326 Castanet-Tolosan Cedex

France

Richard Berthomé

Fonction

CRCN INRAE

SUJETS DE RECHERCHE

Les maladies parasitaires des plantes sont responsables de pertes économiques importantes et sont l’un des obstacles majeurs à la sécurité alimentaire mondiale. Le développement de maladies dépend de trois composantes : la plante hôte, le bioagresseur et l’environnement. Les deux dernières composantes correspondent respectivement aux facteurs biotiques et abiotiques auxquels la plantes doit faire face dans son environnement. Parallèlement aux leviers culturaux et au recours raisonné à des produits chimiques et biologiques limitant les populations d’agents pathogènes, l’identification de nouvelles sources génétiques de résistance reste souvent le moyen le plus efficace pour lutter contre certaines maladies.

Dans le cadre des changements climatiques, les modèles prédisent une accentuation de la fréquence et de l’intensité des événements météorologiques extrêmes. Ces bouleversements modifient déjà les aires de répartition des espèces et le fonctionnement des écosystèmes. Ils pourraient également contribuer à la réduction de la biodiversité naturelle, favoriser l'émergence de nouveaux bioagresseurs et accroître la fréquence et la gravité des épidémies. La température est l’un des paramètres climatiques prédit pour fluctuer le plus. D’ici 2100, la température moyenne à la surface du globe pourrait augmenter de 2 à 4,9°C, affectant les organismes vivants, et par conséquent l’issue des interactions plante-bioagresseurs. De façon préoccupante, un nombre croissant d’études montrent que les changements climatiques affectent négativement la majorité des sources de résistance aux pathogènes connues et utilisées.

 

Nous étudions les réponses des plantes aux stress combinés et plus précisément l’impact d’une élévation de la température ou le changement des conditions climatiques sur l’interaction Plantes-Pathogènes. Nous utilisons pour cela les ressources et les outils disponibles pour les pathosystèmes Arabidopsis/tomate-R.solanacearum.  Les projets menés se répartissent en trois axes qui visent à:

 

  1. Comprendre la nature des processus à l’origine de l’inhibition des réponses de défense en condition d’élévation de température. Nous nous intéressons aux deux partenaires de l’interaction pour identifier et étudier les acteurs moléculaires impliqués (analyses moléculaire, omics, protéiques, métaboliques, microbiologiques et modélisation). Membres de l’équipe participant à ces travaux : M. Bernoux et M. Marchetti.

 

  1. Identifier et caractériser les bases génétiques de mécanismes de résistances robustes, restant efficaces en condition d’élévation de température. Nous explorons pour cela la diversité naturelle de réponse d’Arabidopsis et de la tomate à la bactérie et des approches de génétique d’association (GWA). Certains candidats identifiés sont validés et caractérisés fonctionnellement. Nous évaluons également l’incidence de la diversité génétique du pathogène. Membres de l’équipe participant à ces travaux : M. Bernoux et L. Deslandes.

FORMATION

J’ai été recruté en 2001 à la Station de Génétique et d'Amélioration des Plantes (Institut Jean-Pierre Bourgin-INRA, Versailles) dans l'équipe "Organites et Reproduction". J’y ai développé un projet destiné à étudier l'implication des mitochondries dans le développement et la reproduction sexuée des plantes supérieures. En 2007, j’ai rejoint l’équipe Génomique fonctionnelle d’A. thaliana de l’Unité de Recherche en Génomique Végétale (URGV-INRA) d’EVRY. Mes travaux ont porté sur i) l’étude de la régulation de l’expression des génomes dans un contexte d’adaptation de la plante à son environnement et plus particulièrement en réponse à des stress abiotiques (processus de différenciation cellulaire, carence azotée, stress salin, polluant organique) et ii) à l’étude de la voie de recyclage des bases pyrimidines et sa manipulation afin de développer un système permettant d’accéder au transcriptome de tissu-spécifiques. En 2012, j’ai rejoint l’équipe « Dynamique des mécanismes de résistance des plantes et adaptation au réchauffement climatique » du LIPME dirigée par Laurent Deslandes. Depuis mon arrivée, je développe plusieurs projets qui visent 1) à comprendre la réponse des plantes à des stress combinés biotiques et abiotiques et à identifier et caractériser 2) des mécanismes de résistance robustes et 3) des solutions alternatives permettant de maintenir l’efficacité de mécanismes résistance face au réchauffement climatique.

Tel

Mots clés

FINANCEMENTS RECENTS

2020-2023           Research Partnership INRAE-SYNGENTA: Projects BURNED II & III

2021-2022           AAP SPE INRAE; INTeGRATION

2021-2022           AAP BAP INRAE: CAPI (co-coordination with S. Vernhettes (IJPB, Versailles)

2018-2021           ANR PRC CappTure

2018-2019           AO innovation Labex TULIP: project STARTER          

2017-2021           Research Partnership INRAE-SYNGENTA: project BURNED

2017-2018           AO innovation Labex TULIP: projet RETHINk

2014-2015           AAP SPE INRA                    

2014                     AAP FRAIB (Coll. D. Aldon LRSV)

COLLABORATIONS

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ACTIVITE EDITORIALE

Activités éditoriales

PRODUCTION SCIENTIFIQUE

Publications récentes en lien avec les projets

Desaint H et al. (2020). Fight hard or die trying: when plants face pathogens under heat stress. New Phytol, 229: 712-734.

Aoun N et al. (2017) Quantitative Disease Resistance under Elevated Temperature: Genetic Basis of New Resistance Mechanisms to Ralstonia solanacearum. Front Plant Sci. doi: 10.3389/fpls.2017.01387

Aoun N et al.(2020). A complex network of additive and epistatic quantitative trait loci underlies natural variation of Arabidopsis thaliana quantitative disease resistance to Ralstonia solanacearum under heat stress. Molecular Plant Pathology. 2020; 21: 1405– 1420.

LIENS

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SCIENCE ET SOCIETE

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Hobbies

 
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LIPME - Laboratoire des interactions plantes-microbes-environnement

UMR CNRS-INRA 2594/441

24, chemin de borderouge- Auzeville

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Maud Bernoux

Fonction

CRCN CNRS

SUJETS DE RECHERCHE

Les immuno-récepteurs de la famille des NOD-like receptors (NLRs) protègent efficacement les plantes contre les attaques pathogènes. Cependant, ce type de résistance est souvent affectée à température élevée, ce qui est très inquiétant dans le contexte actuel du réchauffement climatique.

De manière générale, les NLRs sont capables de reconnaitre des effecteurs microbiens et d’activer, souvent via leur domaine N-terminal, une réponse immunitaire conduisant à la résistance de la plante. Malgré les récentes avancées sur la biologie des NLRs, les étapes précoces qui connectent l’activation de ces récepteurs à l’induction des réponses immunitaires sont encore obscures et représentent un vrai chainon manquant dans la compréhension du fonctionnement des NLRs. 

Le but de ce projet est de découvrir comment les NLRs activent la signalisation immunitaire, avec un intérêt particulier sur l’impact d’une élévation de température sur ces fonctions.

 

FORMATION

Mon interêt scientifique est de comprendre comment les plantes se défendent contre les attaques pathogènes, et plus particulièrement comment les récepteurs immunitaires intracellulaires fonctionnent et activent les mécanismes de signalisation conduisant à l’induction des réponses immunitaires. J’ai réalisé ma thèse au LIPM (Toulouse) sous la direction de Laurent Deslandes/Yves Marco (2004-2008) durant laquelle j’ai étudié les mécanismes moléculaires impliqués dans la réponse immunitaire d’Arabidopsis à la bactérie pathogène Ralstonia solanacearum. Lors de mon stage postdoctoral, j’ai étudié les relations structure-fonction des récepteurs immunitaires au CSIRO (Canberra, Australia), en utilisant le pathosystème lin/rouille du lin, dans le groupe de Peter Dodds et Jeff Ellis. En 2012, j’ai obtenu un financement de trois ans de l’agence de recherche australienne (Australian Research Council) pour poursuivre mes recherches sur les récepteurs immunitaires de plantes au CSIRO de manière indépendante. J’ai été recrutée en 2018 par le CNRS en tant que chargée de recherche pour étendre mes recherches sur la fonction de signalisation des récepteurs immunitaires dans un contexte de stress à la chaleur au Laboratoire des Interaction Plante Microbe Environnement (LIPME).

Tel 05 61 28 55 09

Immunité végétale, immuno-récepteur intracellulaire, NLRs, signalisation immunitaire, stress températureés

FINANCEMENTS RECENTS

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PRODUCTION SCIENTIFIQUE

orcid: 0000-0001-5416-4295

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LIPME - Laboratoire des interactions plantes-microbes-environnement

UMR CNRS-INRA 2594/441

24, chemin de borderouge- Auzeville

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France

Tel

Céline Vicédo

Fonction

IE CNRS

SUJETS DE RECHERCHE

Je développe et mets en œuvre différentes approches de biochimie des protéines (expression transitoire chez N. benthamiana via A. tumefaciens, production de protéines recombinantes chez E. coli, purification de protéines sur résines d’affinité, analyses immunoblots, microscopie confocale (FRET-FLIM) en partenariat avec la plateforme TRI-FRAIB, séquençage de protéines MS-MS en partenariat avec la plateforme protéomique proteoTOul-FRAIB) dédiées à la caractérisation de modifications post-traductionnelles qui concernent différents effecteurs de type III de bactéries phyto-pathogènes (Rastonia solanacearum, Xanthomonas campestris) ainsi que des récepteurs immunitaires végétaux (NLRs). Notre objectif est de comprendre l’importance de ces modifications dans l’instauration du dialogue moléculaire qui s’établit entre des bactéries et leurs plantes hôtes (fonctions de virulence et d’avirulence des effecteurs, activités de signalisation des récepteurs immunitaires).

Je suis également personne compétente en radioprotection pour l’unité.

FORMATION

J’ai été recrutée ingénieure d’études au CNRS en décembre 2001. Après avoir travaillé 12 ans au laboratoire Evolution et Diversité Biologique (EDB) de Toulouse, j’ai validé le Master 2 Professionnel Diagnostic Microbiologique Approches Innovantes de Toulouse III et ai enseigné les SVT dans l’enseignement secondaire, en détachement, pendant 2 ans.

J’ai rejoint le Laboratoire des Interactions Plantes Microbes Environnement (LIPME) en septembre 2016.

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LIPME - Laboratoire des interactions plantes-microbes-environnement

UMR CNRS-INRA 2594/441

24, chemin de borderouge- Auzeville

CS 52627

31326 Castanet-Tolosan Cedex

France

Tel

Mots clés

Marta Marchetti

Fonction

CRHC INRAE

SUJETS DE RECHERCHE

Mon domaine de recherche est centré sur les interactions entre les bactéries et leur hôte.
Je m'intéresse actuellement à l'interaction des pathogènes bactériens avec les végétaux aux niveaux cellulaire et moléculaire avec, en particulier, une approche de biologique cellulaire. Mon intérêt principal est de mieux comprendre l’immunité racinaire des plantes aux pathogènes bactériens et les effets du changement climatique, sur l’interaction hôte-pathogène.

FORMATION

Mon parcours scientifique a démarré avec une thèse dans le Département d’immunologie et Biologie Moléculaire à la Chiron Vaccine Spa en Italie (Sienne) sur le développement d’un modèle murin pour l’infection du pathogène humain, Helicobacter pylori. J’ai ensuite effectué un premier stage post doctorale au sein du Département de bactériologie et mycologie dirigée par Philippe Sansonetti à l’Institut Pasteur sur la compréhension des mécanismes moléculaires associés au développement de la métaplasie œsophagienne ou syndrome de Barrett.

Au cours de mon deuxième stage post-doctoral au sein du Département de dynamique cellulaire à l’Institut Curie à Paris, j’ai travaillait sur un projet centré sur l’analyse moléculaire de voies d’endocytose et de la signalisation des récepteurs aux interférons. En 2005 j’ai été recruté à l’INRAE et rejoins l’équipe « Fonctions symbiotiques génomes et évolution des rhizobia » au sein du LIPME. Mon intérêt a été principalement guidé par des questions sur l'histoire évolutive de rhizobiums et la compréhension des mécanismes moléculaires qui ont permis leur émergence.

En 2019 j’ai intégré l’équipe « Dynamique de la réponse immunitaire et adaptation au changement climatique » dirigé par Laurent Deslandes.

Je m’intéresse à l’étude des réponses immunitaires des plantes à R. solanacearum en me concentrant sur les réponses au niveau de la voie naturelle d'entrée de R. solanacearum, la racine et aux effets du changement climatique, sur l’interaction hôte-pathogène.

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LIPME - Laboratoire des interactions plantes-microbes-environnement

UMR CNRS-INRA 2594/441

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France

Valérie Pacquit

Fonction

Maître de conférence UT3-Paul Sabatier

SUJETS DE RECHERCHE

Mes travaux de recherche ont principalement eu pour objectif de décortiquer les mécanismes moléculaires impliqués dans l’adaptation des plantes aux signaux de leur environnement.

            J’ai rejoint en septembre 2020 l’équipe Plant Resistance Pathways Dynamics and Adaptation to Climate Change, REACH et afin de développer des projets portant sur l’identific

Mes travaux de recherche ont principalement eu pour objectif de décortiquer les mécanismes moléculaires impliqués dans l’adaptation des plantes aux signaux de leur environnement.

            Durant ma thèse sous la direction du Pr. P. Gadal et du Dr. J. Vidal à l’Institut de Biotechnologie des Plantes (IBP) à l’Université Paris XI, mes travaux ont porté sur la photorégulation par phosphorylation de la phosphoénolpyruvate carboxylase (PEPC) impliquée dans la photosynthèse C4, en particulier sur la caractérisation de la PEPC-kinase et des éléments de la voie de transduction de la lumière. Durant mon contrat postdoctoral dans le groupe de Pr. G. Hardie au MRC Phosphorylation à Dundee (Ecosse), j’ai travaillé sur l’identification chez les plantes de la protéine kinase-kinase régulant HRK, homologue à l’AMPK chez les mammifères et SNF1 chez la levure. En 1996, j’ai été nommée Maître de conférences à l’Université Paul Sabatier Toulouse 3. Ma recherche a alors porté successivement sur l’analyse fonctionnelle des gènes AtLecRK-a codant des récepteur-kinases putatifs chez Arabidopsis thaliana, puis sur la dynamique des parois cellulaires en étudiant : (i) les mécanismes de régulation transcriptionnelle de gènes impliqués dans la voie de biosynthèse des lignines chez l’Eucalyptus (ii) la fonction de protéines de paroi chez A. thaliana, plus particulièrement d’AtLTP2, une Lipid Transfer Protein impliquée dans l’intégrité de l’interface paroi-cuticule.    J’ai rejoint en septembre 2020 l’équipe Plant Resistance Pathways Dynamics and Adaptation to Climate Change, REACH afin de développer des projets portant sur l’identification des mécanismes moléculaires impliqués dans la virulence d’agents pathogènes bactériens tel que Ralstonia solanacearum et dans l’activation de l’immunité des plantes

Bien que des avancées significatives aient été réalisées quant à la compréhension du mode d’activation des NLRs, peu d’informations sont actuellement disponibles sur la nature et la dynamique des protéomes proximaux qui participent à l’activation et à la signalisation des NLRs. En s’appuyant sur les résultats obtenus d’un criblage double hybride, il s’agit de poursuivre l’identification des protéines d’Arabidopsis thaliana partenaires potentiels de l’effecteur PopP2 en les caractérisant fonctionnellement. De plus, une approche de marquage de proximité est mise en œuvre afin d’inventorier les protéines interagissant avec PopP2 et les récepteurs immunitaires NLR qui le reconnaissent, in planta. L’objectif est donc d’établir une liste la plus exhaustive possible des protéines interagissant avec l’effecteur PopP2, de définir leur modalités d’action au niveau moléculaire mais également de préciser leur implication dans les fonctions de virulence et/ou d’avirulence de l’effecteur.

FORMATION

J’ai effectué mes études supérieures à l’Université Paris XI (Faculté des Sciences d’Orsay) :

-Thèse de doctorat (Mention très honorable et félicitations du jury)

-DEA de Biologie Moléculaire et Cellulaire Végétale (Mention Très Bien)

Tel

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A l’Université Toulouse3-Paul Sabatier, je dispense des enseignements mettant en œuvre essentiellement les disciplines de Génétique moléculaire, de Biologie cellulaire et moléculaire, de Biochimie et Biotechnologies et de Physiologie Moléculaire Végétale en Licence et en Master.

Mes (co-) Responsabilités pédagogiques (Formation et Unités d’Enseignement) :

-Master Biotechnologies parcours « Bio-Ingénierie, Recherche et Application Biomédicale » et parcours « Qualité et sécurité des Produits de Santé et Aliments » (à partir de 2022)

-Master Bioingénierie –Biotechnologies Végétales (2000-2016)

-IUP Bioingénierie –Biotechnologies Végétales (1997-2011)

-10 Unités d’enseignement de Master 1 et 2 (période 2000 à 2022)

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Virginie Comorge

Doctorante

Doctorante UT3-Paul Sabatier

SUJETS DE RECHERCHE

Lors de mon double diplôme en agronomie et études des interactions plantes-microorganismes (Agrocampus Ouest, ENSAT), j’ai effectué mon stage de Master 2 dans l’équipe REACH supervisée par Laurent Deslandes sur la modification de l’épigénome par Ralstonia solanacearum. Depuis novembre 2018, grâce à un financement INRAE SPE et ANR, je continue ce travail dans le cadre de ma thèse. Le but de mon projet est de comprendre l’impact de l’effecteur PopP2 de Ralstonia solanacearum sur l’épigénome de la plante modèle Arabidopsis thaliana.

FORMATION

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UMR CNRS-INRA 2594/441

24, chemin de borderouge- Auzeville

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France

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Matilda Zaffuto

CDD

SUJETS DE RECHERCHE

FORMATION

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UMR CNRS-INRA 2594/441

24, chemin de borderouge- Auzeville

CS 52627

31326 Castanet-Tolosan Cedex

France

Tel

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