LIPME - Laboratoire des interactions plantes-microbes-environnement
UMR CNRS-INRA 2594/441
24, chemin de borderouge- Auzeville
CS 52627
31326 Castanet-Tolosan Cedex
France
Laurent Deslandes
DR2 CNRS
Responsable d'équipe
SUJETS DE RECHERCHE
Sujets de recherche
FORMATION
Financements récents
Tel
Mots clés
FINANCEMENTS RECENTS
Financements récents
COLLABORATIONS
Collaborations
ENSEIGNEMENT
Enseignements
MEMBRE COMITE
Membre comité
ACTIVITE EDITORIALE
Activités éditoriales
PRODUCTION SCIENTIFIQUE
Productions scientifiques
LIENS
Science & Société
SCIENCE ET SOCIETE
Science & Société
LIPME - Laboratoire des interactions plantes-microbes-environnement
UMR CNRS-INRA 2594/441
24, chemin de borderouge- Auzeville
CS 52627
31326 Castanet-Tolosan Cedex
France
Immunité végétale
récepteur immunitaire
NLR - TIR
signalisation
stress abiotiques
température
Bernoux Maud
CRCN CNRS
Co Responsable d'équipe
SUJETS DE RECHERCHE
Mon intérêt scientifique est de comprendre comment les plantes interagissent avec leur environnement et plus particulièrement comment elles se défendent contre les attaques pathogènes dans un contexte de climat fluctuant. Mes recherches sont centrées sur l’étude fonctionnelle des récepteurs immunitaires intracellulaires de type NLR canoniques et non-canoniques. Ces récepteurs contiennent parfois un domaine de signalisation TIR qui est retrouvé dans tous les règnes du vivant. Les principales questions de recherches sont :
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Quel est l’impact de la température et autres stress abiotiques sur la fonction des NLRs et l’immunité végétale?
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Quelle est la diversité fonctionnelle des domaines TIR chez les plantes ?
FORMATION et BIOGRAPHIE
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Since 2018: CNRS CRCN, LIPME, Toulouse, France
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2012-2018: Junior research scientist, CSIRO Agriculture, Canberra, Australia
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2012-2015: ARC DECRA fellow, CSIRO Agriculture, Canberra, Australia
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2008-2012: Postdoc fellow, CSIRO Agriculture, Canberra, Australia
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2008: PhD degree in Plant sciences, University Paul Sabatier, LIPM, Toulouse, France
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2004: Master Degree (DEA) « Plant-Microbe Interaction »/Engineer degree Agro Paris-Tech, University Paris VI, Paris XI, AgroParis Tech, France
FINANCEMENTS RECENTS
2025-2029 : ANR PRME : NLResET (NLR-mediated Resilient Immune responses under Elevated Temperature)
2021-2024 : INRAE département SPE : PIMs (Proximity labelling of plant IMmune receptor Signaling complexes under heat stress)
ENSEIGNEMENT
J’enseigne les interactions plantes-microorganismes et l’immunité végétale à des étudiants de master :
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Depuis 2019 : master Agrobiosciences Plant microbe interactions (INP-ENSAT, Toulouse).
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Depuis 2020 : master Agrosciences, Université de Bordeaux
J’interviens ponctuellement dans d’autres masters pour présenter mes recherches (master Plant Sciences, Université Paris 7, master Biologie des plantes et micoorganismes associés, Université de Toulouse)
MEMBRE COMITE
Depuis 2020 : Membre élu du conseil scientifique du labex TULIP
2021-2024 : Membre nommé du conseil de laboratoire du LIPME
Depuis 2021 : Membre du comité scientifique du réseau INRAE MoDIP (Molecular dialogue between plants and microbes)
A partir de 2026: Coordinatrice du réseau MoDIP
ACTIVITE EDITORIALE
Depuis 2023 : Associate editor MPMI
PRODUCTION SCIENTIFIQUE
Orcid: 0000-0001-5416-4295
ACTIVITE TRANSVERSALE
Depuis 2019 : Référente égalité du LIPME
SCIENCE ET SOCIETE
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2019 : Pint of science Toulouse: « Immunitaire mon cher Watson »
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2021 : Intervention dans une école primaire (fête de la science et 40ans LIPME)
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2022 : Publication d’un article de vulgarisation scientifique « Le système immunitaire des plantes » dans le Petit Illustré du CNRS/La dépêche du Midi.
LIPME - Laboratoire des interactions plantes-microbes-environnement
UMR CNRS-INRA 2594/441
24, chemin de borderouge- Auzeville
CS 52627
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France
Richard Berthomé
DR INRAE
SUJETS DE RECHERCHE
Résistances robustes et alternatives pour faire face aux pathogènes dans le contexte du réchauffement climatique
Les maladies parasitaires des plantes sont responsables de pertes économiques importantes et sont l’un des obstacles majeurs à la sécurité alimentaire mondiale. Le développement de ces maladies dépend de trois composantes : la plante hôte, le bioagresseur et l’environnement. Les deux dernières composantes correspondent respectivement aux contraintes biotiques et abiotiques auxquels la plantes doit faire face dans son habitat. Parallèlement aux leviers culturaux et au recours raisonné à des produits chimiques et biologiques limitant les populations d’agents pathogènes, l’identification de nouvelles sources génétiques de résistance reste souvent le moyen le plus efficace pour lutter contre ces maladies.
Dans le contexte du changement climatique, les différents scénarios prédisent une accentuation de la fréquence et de l’intensité des événements météorologiques extrêmes. Ces bouleversements modifient déjà les aires de répartition géographiques des espèces et le fonctionnement des écosystèmes. Ils pourraient également contribuer à la réduction de la biodiversité naturelle, favoriser l'émergence de nouveaux bioagresseurs et accroître la fréquence et la gravité des épidémies. La température est l’un des paramètres climatiques prédit pour fluctuer le plus d’ici la fin du siècle. De façon préoccupante, un nombre croissant d’études montrent que des températures élevées affectent négativement la majorité des sources de résistance aux pathogènes connues et utilisées.
Nous étudions les réponses des plantes aux contraintes multiples et combinées de nature biotique et abiotique et plus spécifiquement l’impact d’une élévation de la température ou du changement du climat sur l’interaction Plantes-pathogènes. Nous utilisons pour cela les ressources et les outils disponibles pour les pathosystèmes Arabidopsis/tomate-R.solanacearum. Les projets menés se répartissent en trois axes qui visent à:
1) comprendre la nature des mécanismes à l’origine de l’inhibition des réponses de défense en condition d’élévation de température en considérant les deux partenaires de l’interaction plante-pathogène (interactions avec Marta Marchetti).
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identifier et caractériser les bases génétiques de mécanismes de résistances robustes, restant efficaces en condition d’élévation température en condition contrôlées ou au champ à deux saisons. Nous explorons pour cela la diversité naturelle de réponse d’Arabidopsis et de la tomate à la bactérie et utilisons notamment des approches de génétique d’association et de validation fonctionnelle. Nous évaluons également l’incidence de la diversité génétique du pathogène (interactions avec L. Deslandes ; M. Bernoux).
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évaluer l’importance d’autres facteurs de l’environnement (microbiote racinaire, associations plante-plante) afin d’identifier à terme des solutions alternatives permettant de maintenir l’efficacité des défenses de la plante en condition de changement climatique.
FORMATION
Recruté en 2001 à la Station de Génétique et d'Amélioration des Plantes (Institut Jean-Pierre Bourgin-INRA, Versailles) dans l'équipe "Organites et Reproduction", j’y ai développé un projet destiné à étudier l'implication des mitochondries dans le développement et la reproduction sexuée des plantes supérieures. En 2007, j’ai rejoint l’équipe Génomique fonctionnelle d’A. thaliana de l’Unité de Recherche en Génomique Végétale (URGV-INRA) d’EVRY. Mes travaux ont porté sur i) l’étude de la régulation de l’expression des génomes dans un contexte d’adaptation de la plante à son environnement et plus particulièrement en réponse à des stress abiotiques (processus de différenciation cellulaire, carence azotée, stress salin, polluant organique) et ii) à l’étude de la voie de recyclage des bases pyrimidines et sa manipulation afin de développer un système permettant d’accéder au transcriptome de tissu-spécifiques. En 2012, j’ai intégré l’équipe « Dynamique des mécanismes de résistance des plantes et adaptation au réchauffement climatique » du LIPME dirigée par Laurent Deslandes. J’y développe plusieurs projets qui visent 1) à comprendre la réponse des plantes à des stress combinés biotiques et abiotiques et d’identifier et caractériser 2) des mécanismes génétiques de résistance robustes ou 3) des solutions alternatives permettant de maintenir l’efficacité de mécanismes résistance face au réchauffement climatique.
FINANCEMENTS RECENTS
2023-2029 ANR PIA4 SOYSTAINABLE
2023-2025 Research Partnership INRAE-SYNGENTA ELEVATION
2022-2024 Research Partnership INRAE-SYNGENTA CRISP.
2021-2023 AAP SPE INRAE; INTeGRATION
2021-2023 Research Partnership INRAE-SYNGENTA: Project BURNED III
2021-2023 AAP SPE INRAE; INTeGRATION
2021 AAP FRAIB AWARE
2020-2022 Research Partnership INRAE-SYNGENTA: Project BURNED II.
2018-2021 ANR PRC CappTure
2018-2019 AO innovation Labex TULIP: project STARTER
2017-2021 Research Partnership INRAE-SYNGENTA: project BURNED
2017-2018 AO innovation Labex TULIP: projet RETHINk
2014-2015 AAP SPE INRA
2014 AAP FRAIB (Coll. D. Aldon LRSV)
PRODUCTION SCIENTIFIQUE
Publications récentes en lien avec les projets
Demirjian, C., Razavi, N., Desaint, H., Lonjon, F., Genin, S., Roux, F., Berthomé, R. & Vailleau, F. (2022). Study of natural diversity in response to a key pathogenicity regulator of Ralstonia solanacearum reveals new susceptibility genes in Arabidopsis thaliana. Molecular Plant Pathol., 23: 321-338. ⟨10.1111/mpp.13135⟩. ⟨hal-03621760⟩
Delplace, F., Huard-Chauveau, C., Berthomé, R. & Roby, D. (2022). Network organization of the plant immune system: from pathogen perception to robust defense induction. The Plant Journal, 109, 447– 470. ⟨10.1111/tpj.15462⟩. ⟨hal-03533890⟩.
Desaint, H., Aoun, N., Deslandes, L., Vailleau, F., Roux, F. & Berthomé, R. (2021). Fight hard or die trying: when plants face pathogens under heat stress. New Phytol. 229: 712-34. ⟨10.1111/nph.16965⟩.⟨hal-03176541⟩
Zhu, X., Mazard, J., Robe, E., Pignoly, S., Aguilar, M., San Clemente, H., Lauber, E., Berthomé, R. & Galaud, J.P. (2021). The same against many: AtCML8 acts as a common regulator of defense responses to several species of phytopathogens. Int. J. Mol. Sci., MDPI, 22: 10469. ⟨10.3390/ijms221910469⟩. ⟨hal-03383369⟩.
Aoun, N., Desaint, H., Boyrie, L., Bonhomme, M., Deslandes, L., Berthomé, R. & Roux, F. (2020). A complex network of additive and epistatic QTLs underlies natural variation of Arabidopsis thaliana quantitative disease resistance to Ralstonia solanacearum under heat stress. Molecular Plant Pathol., 21:1405-20. ⟨10.1111/mpp.12964⟩. ⟨hal-02948127⟩.
Berthomé, R., Moury, B., Lefebvre, V. & Fagard, M. (2020). Chapitre coordonné « Effets des changements environnementaux sur l'immunité végétale » dans « L'immunité végétale: comment les plantes résistent aux maladies » (ed Lannou, C., Roby, D., Ravigné, V., Hannachi, M., Moury, B.), Quæ, Versailles, 392 p. ⟨hal-03130970⟩.
Aoun, N., Tauleigne, L., Lonjon, F., Deslandes, L., Vailleau, F., Roux, F. & Berthomé, R. (2017). Quantitative Disease Resistance under Elevated Temperature: Genetic Basis of New Resistance Mechanisms to Ralstonia solanacearum. Front Plant Sci. 8:1387. ⟨10.3389/fpls.2017.01387⟩. ⟨hal-01608184⟩.
LIPME - Laboratoire des interactions plantes-microbes-environnement
UMR CNRS-INRA 2594/441
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France
: Plant immunity
Arabidopsis thaliana
pathogen
Ralstonia solanacearum
NLR
Marta Marchetti
CRHC INRAE
SUJETS DE RECHERCHE
L’immunité racinaire d' Arabidopsis thaliana: spécificités de la réponse à R. solanacearum et effet de température élevée dans un contexte de réchauffement climatique
Mon domaine de recherche est centré sur les interactions entre les bactéries et leur hôte.
Je m'intéresse actuellement à l'interaction des pathogènes bactériens avec les végétaux aux niveaux cellulaire et moléculaire avec, en particulier, une approche de biologique cellulaire. Mon intérêt principal est de mieux comprendre l’immunité racinaire des plantes aux pathogènes bactériens et les effets du changement climatique, sur l’interaction hôte-pathogène.
FORMATION
Mon parcours scientifique a démarré avec une thèse dans le Département d’immunologie et Biologie Moléculaire à la Chiron Vaccine Spa en Italie (Sienne) sur le développement d’un modèle murin pour l’infection du pathogène humain, Helicobacter pylori. J’ai ensuite effectué un premier stage post doctorale au sein du Département de bactériologie et mycologie dirigée par Philippe Sansonetti à l’Institut Pasteur sur la compréhension des mécanismes moléculaires associés au développement de la métaplasie œsophagienne ou syndrome de Barrett.
Au cours de mon deuxième stage post-doctoral au sein du Département de dynamique cellulaire à l’Institut Curie à Paris, j’ai travaillait sur un projet centré sur l’analyse moléculaire de voies d’endocytose et de la signalisation des récepteurs aux interférons. En 2005 j’ai été recruté à l’INRAE et rejoins l’équipe « Fonctions symbiotiques génomes et évolution des rhizobia » au sein du LIPME. Mon intérêt a été principalement guidé par des questions sur l'histoire évolutive de rhizobiums et la compréhension des mécanismes moléculaires qui ont permis leur émergence.
En 2019 j’ai intégré l’équipe « Dynamique de la réponse immunitaire et adaptation au changement climatique » dirigé par Laurent Deslandes.
Je m’intéresse à l’étude des réponses immunitaires des plantes à R. solanacearum en me concentrant sur les réponses au niveau de la voie naturelle d'entrée de R. solanacearum, la racine et aux effets du changement climatique, sur l’interaction hôte-pathogène.
Les racines représentent une porte d'entrée opportuniste importante pour un certain nombre d'agents pathogènes du sol. Parmi les organismes pathogènes, les phytopathogenes vasculaires pénètrent dans le système racinaire pour infecter et provoquer des symptômes dans les parties aériennes des plantes hôtes telles que leurs feuilles.
C'est le cas de la bactérie R. solanacearum. En travaillant sur le pathosystème composé de la bactérie phytopathogène R. solanacearum et de la plante modèle Arabidopsis thaliana, le but de ma recherche est d'étudier au niveau racinaire la réponse d' Arabidopsis thaliana confrontées à R. solanacearum et l'impact d'une élévation de température sur celle-ci dans un contexte de réchauffement climatique.
FINANCEMENTS RECENTS
Project FR AIB « AWARE » - 2021 : Analysis of primary cell WAll in REsistance under combined stresses
- Project INRAE SPE « INSOLARIA » - 2023 : Etude de l’ImmuNité racinaire d’Arabidopsis thaliana à Ralstonia SOLAnacearum dans un contexte de Réchauffement clImAtique. (30 K€)
COLLABORATIONS
- Collaboration avec l’Equipe Regulation and dynamics of wood formation (dirigée par F. Mounet) du LRSV dans le cadre du projet AWARE de la FR AIB. Collaboration valorisée par une publication dont je suis dernier auteur. (Henri D. et al., 2024).
- Collaboration avec S. Vernhiettes à l’Institut Jean-Pierre Bourgin à l’INRAE centre IdF de
verseilles-Saclay (Dept. BAP) dans le cadre du projeT AWARE (publication Henri D. et al., 2024).
- Collaboration avec la plateforme d’imagerie de la FR AIB (du réseau Toulouse imagerie) pour l’analyse de la composition de la paroi par une approche Raman.
ENSEIGNEMENT
- Formateur comme membre de la semaine d’intégration du Master de TULIP Graduate school, Début du Master Sept 2021. Etudiants en Master 1.
- Formateur Module « Etique du Chercheur et Intégrité Scientifique ». Formation proposée par L’École des Docteurs de l’Université de Toulouse. Niveau Doctorat. Entre 3 et 4 interventions (1 jour/intervention) par an. Depuis décembre 2019.
- Co-responsable du module IPM (Interaction Plante Microorganismes) au sein du M2R - (Toulouse) Organisation et correction de l’examen écrit. Depuis 2015.
MEMBRE COMITE
- Membre du Conseil scientifique de l’Ecole doctorale SEVAB à laquelle le LIPME est rattachée.
ACTIVITE EDITORIALE
Journal of Applied and Environmental Microbiology - ISME Journal – Agronomy - Plants – Canadian Journal of Microbiology - FEMS Microbiology Ecology - Frontiers in plant microbe interaction - International Journal of Molecular Sciences (IJBR)
PRODUCTION SCIENTIFIQUE
Desaint H., Gigli A., Belny A., Cassan-Wang H., Martinez Y., Vailleau F., Mounet F., Vernhettes S.,
Berthomé R. and M. Marchetti. Reshaping the Primary Cell Wall: Dual Effects on Plant Resistance to Ralstonia solanacearum and Heat Stress Response doi.org/10.1094/MPMI-05-24-0059-R hal-04672689
Bartoli C., Boivin S., Marchetti M., Gris C., Gasciolli V., Gaston M., Auriac M-C., Cottret L., Carlier A., Masson-Boivin, Lepetit M., Lefebvre B. 2022. Rhizobium leguminosarum symbiovar viciae strains are natural wheat endophytes and can stimulate root development and colonization by arbuscular mycorrhizal fungi. Environ Microbiol 24:5509-5523. doi: 10.1111/1462-2920.16148 hal-02967159
Checcucci A. and . The rhizosphere talk show : the rhizobia on stage. Review. Frontiers in Agronomy 2:591494 doi: 10.3389/fagro.2020.591494. hal-04672681
Benoit Daubech, Véréna Poinsot, Agnieszka Klonowska, Delphine Capela, Clemence Chaintreuil, Lionel Moulin, Marta Marchetti, Catherine Masson-Boivin (2019-10-16). noeM, a New Nodulation Gene Involved in the Biosynthesis of Nod Factors with an Open-Chain Oxidized Terminal Residue and in the Symbiosis with Mimosa pudica. Molecular Plant-Microbe Interactions, 32 (12), MPMI-06-19-0168, https://dx.doi.org/10.1094/MPMI-06-19-0168-R, https://hal.inrae.fr/hal-02326461
Marta Marchetti, Camille Clerissi, Yasmine Yousfi, Carine Gris, Olivier Bouchez, Eduardo Rocha, Stéphane Cruveiller, Alain Jauneau, Delphine Capela, Catherine Masson (2017-04). Experimental evolution of rhizobia may lead to either extra- or intracellular symbiotic adaptation depending on the selection regime. Molecular Ecology, 26 (7), 1818-1831, https://dx.doi.org/10.1111/mec.13895, https://hal.inrae.fr/hal-01607703
Benoit Daubech, Philippe Remigi, Ginaini Grazielli Doin de Moura, Marta Marchetti, Cecile Pouzet, Marie-Christine Auriac, Chaitanya S. Gokhale, Catherine Masson-Boivin, Delphine Capela (2017). Spatio-temporal control of mutualism in legumes helps spread symbiotic nitrogen fixation. eLife, 6 e28683, https://dx.doi.org/10.7554/eLife.28683, https://hal.inrae.fr/hal-02618918
Delphine Capela, Marta Marchetti, Camille Clerissi, Anthony Perrier, Dorian Guetta, Carine Gris, Marc Valls, Alain Jauneau, Stéphane Cruveiller, Eduardo P. C. Rocha, Catherine Masson-Boivin (2017). Recruitment of a Lineage-Specific Virulence Regulatory Pathway Promotes Intracellular Infection by a Plant Pathogen Experimentally Evolved into a Legume Symbiont. Molecular Biology and Evolution, 34 (10), 2503-2521, https://dx.doi.org/10.1093/molbev/msx165, https://hal.inrae.fr/hal-02620519
Marta Marchetti, Alain Jauneau, Delphine Capela, Philippe Remigi, Carine Gris, Jacques Batut, Catherine Masson-Boivin (2014-09). Shaping Bacterial Symbiosis With Legumes by Experimental Evolution. Molecular Plant-Microbe Interactions, 27 (9), 956-964, https://dx.doi.org/10.1094/MPMI-03-14-0083-R, https://hal.inrae.fr/hal-02938143
Marta Marchetti, Alain Jauneau, Delphine Capela, Philippe Remigi, Carine Gris, Jacques Batut, Catherine Masson (2014). Shaping Bacterial Symbiosis With Legumes by Experimental Evolution. Molecular Plant-Microbe Interactions, 27 (9), 956 - 964, https://dx.doi.org/10.1094/MPMI-03-14-0083-R, https://hal.inrae.fr/hal-02637300
Marta Marchetti, Delphine Capela, Renaud Poincloux, Nacer Benmeradi, Marie-Christine Auriac, Aurélie Le Ru, Isabelle Maridonneau-Parini, Jacques Batut, Catherine Masson (2013). Queuosine biosynthesis is required for sinorhizobium meliloti-induced cytoskeletal modifications on HeLa Cells and symbiosis with . PLoS ONE, 8 (2), e56043, https://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0056043, https://hal.inrae.fr/hal-02650924
Marta Marchetti, Olivier Catrice, Jacques Batut, Catherine Masson (2011). Cupriavidus taiwanensis Bacteroids in Mimosa pudica Indeterminate Nodules Are Not Terminally Differentiated. Applied and Environmental Microbiology, 77 (6), 2161-2164, https://dx.doi.org/10.1128/AEM.02358-10, https://hal.inrae.fr/hal-02644027
Marta Marchetti, Delphine Capela, Michelle Glew, Stéphane Cruveiller, Béatrice Chane-Woon-Ming, Carine Gris, Ton Timmers, Véréna Poinsot, Beatriz-Luz Gilbert, Philipp Heeb, Claudine Medigue, Jacques Batut, Catherine Masson-Boivin (2010). Experimental Evolution of a Plant Pathogen into a Legume Symbiont. PLoS Biology, 8 (1), e1000280, https://dx.doi.org/10.1371/journal.pbio.1000280, https://hal.inrae.fr/hal-02665813
Julie Claudinon, Pauline Gonnord, Emilie Beslard, Marta Marchetti, Keith Mitchell, Cédric Boularan, Ludger Johannes, Pierre Eid, Christophe Lamaze (2009). Palmitoylation of interferon-alpha (IFN-alpha) receptor subunit IFNAR1 is required for the activation of Stat1 and Stat2 by IFN-alpha.. Journal of Biological Chemistry, 284 (36), 24328-40, https://dx.doi.org/10.1074/jbc.M109.021915, https://hal.inrae.fr/hal-02655804
Claire Amadou, Géraldine Pascal, Sophie Mangenot, Michelle Glew, Cyril Bontemps, Delphine Capela, Sébastien Carrere, Stéphane Cruveiller, Carole Dossat, Aurélie Lajus, Marta Marchetti, Véréna Poinsot, Zoé Rouy, Bertrand Servin, Maged Saad, Chantal Schenowitz, Valérie Barbe, Jacques Batut, Claudine Médigue, Catherine Masson-Boivin (2008-07-30). Genome sequence of the -rhizobium Cupriavidus taiwanensis and comparative genomics of rhizobia. Genome Research, 18 (9), 1472 - 1483, https://dx.doi.org/10.1101/gr.076448.108, https://hal.univ-lorraine.fr/hal-01655676
Peggy Robinet, Alexandre Fradagrada, Marie-Noelle Monier, Marta Marchetti, Anne Cogny, Nicole Moatti, Jean-Louis Paul, Benoît Vedie, Christophe Lamaze (2006). Dynamin is involved in endolysosomal cholesterol delivery to the endoplasmic reticulum: role in cholesterol homeostasis.. Traffic, 7 (7), 811-23, https://dx.doi.org/10.1111/j.1600-0854.2006.00435.x, https://hal.inrae.fr/hal-02657034
Marta Marchetti, Marie-Noelle Monier, Alexandre Fradagrada, Keith Mitchell, Florence Baychelier, Pierre Eid, Ludger Johannes, Christophe Lamaze (2006). Stat-mediated signaling induced by type I and type II interferons (IFNs) is differentially controlled through lipid microdomain association and clathrin-dependent endocytosis of IFN receptors.. Molecular Biology of the Cell, 17 (7), 2896-909, https://dx.doi.org/10.1091/mbc.e06-01-0076, https://hal.inrae.fr/hal-02656874
Marta Marchetti, Jean Claude Sirard, Philippe Sansonetti, Eric Pringault, Sophie Kerneis (2004). Interaction of pathogenic bacteria with rabbit appendix M cells: bacterial motility is a key feature in vivo. Microbes and Infection, 6 (6), 521-528, https://dx.doi.org/10.1016/j.micinf.2004.02.009, https://hal.inrae.fr/hal-02675770
Marta Marchetti, Elise Caliot, Eric Pringault (2003). Chronic acid exposure leads to activation of the cdx2 intestinal homeobox gene in a long-term culture of mouse esophageal keratinocytes.. Journal of Cell Science, 116 (Pt 8), 1429-36, https://hal.inrae.fr/hal-02676150
Marta Marchetti, Rino Rappuoli (2002). Isogenic mutants of the cag pathogenicity island of Helicobacter pylori in the mouse model of infection: effects on colonization efficiency.. Microbiology, 148 (Pt 5), 1447-56, https://dx.doi.org/10.1099/00221287-148-5-1447, https://hal.inrae.fr/hal-02675774
Marta Marchetti, M Rossi, V Giannelli, M M Giuliani, M Pizza, S Censini, A Covacci, P Massari, C Pagliaccia, R Manetti, J L Telford, G Douce, G Dougan, R Rappuoli, P Ghiara (1998). Protection against Helicobacter pylori infection in mice by intragastric vaccination with H. pylori antigens is achieved using a non-toxic mutant of E. coli heat-labile enterotoxin (LT) as adjuvant.. Vaccine, 16 (1), 33-7, https://hal.inrae.fr/hal-02693337
P Ghiara, M Rossi, Marta Marchetti, A Di Tommaso, C Vindigni, F Ciampolini, A Covacci, J L Telford, M T de Magistris, M Pizza, R Rappuoli, G del Giudice (1997). Therapeutic intragastric vaccination against Helicobacter pylori in mice eradicates an otherwise chronic infection and confers protection against reinfection.. Infection and Immunity, 65 (12), 4996-5002, https://hal.inrae.fr/hal-02687597
R Manetti, P Massari, Marta Marchetti, C Magagnoli, S Nuti, P Lupetti, P Ghiara, R Rappuoli, J L Telford (1997). Detoxification of the Helicobacter pylori cytotoxin.. Infection and Immunity, 65 (11), 4615-9, https://hal.inrae.fr/hal-02692196
Marta Marchetti, B Aricò, D Burroni, N Figura, R Rappuoli, P Ghiara (1995). Development of a mouse model of Helicobacter pylori infection that mimics human disease.. Science, 267 (5204), 1655-8, https://hal.inrae.fr/hal-02707700
P Ghiara, Marta Marchetti, M J Blaser, M K Tummuru, T L Cover, E D Segal, L S Tompkins, R Rappuoli (1995). Role of the Helicobacter pylori virulence factors vacuolating cytotoxin, CagA, and urease in a mouse model of disease.. Infection and Immunity, 63 (10), 4154-60, https://hal.inrae.fr/hal-02712048
LIPME - Laboratoire des interactions plantes-microbes-environnement
UMR CNRS-INRA 2594/441
24, chemin de borderouge- Auzeville
CS 52627
31326 Castanet-Tolosan Cedex
France
Valérie Pacquit
Maitre de conférence UT3-Paul Sabatier
SUJETS DE RECHERCHE
Mes travaux de recherche ont principalement eu pour objectif de décortiquer les mécanismes moléculaires impliqués dans l’adaptation des plantes aux signaux de leur environnement.
J’ai rejoint en septembre 2020 l’équipe Plant Resistance Pathways Dynamics and Adaptation to Climate Change, REACH et afin de développer des projets portant sur l’identific
Mes travaux de recherche ont principalement eu pour objectif de décortiquer les mécanismes moléculaires impliqués dans l’adaptation des plantes aux signaux de leur environnement.
Durant ma thèse sous la direction du Pr. P. Gadal et du Dr. J. Vidal à l’Institut de Biotechnologie des Plantes (IBP) à l’Université Paris XI, mes travaux ont porté sur la photorégulation par phosphorylation de la phosphoénolpyruvate carboxylase (PEPC) impliquée dans la photosynthèse C4, en particulier sur la caractérisation de la PEPC-kinase et des éléments de la voie de transduction de la lumière. Durant mon contrat postdoctoral dans le groupe de Pr. G. Hardie au MRC Phosphorylation à Dundee (Ecosse), j’ai travaillé sur l’identification chez les plantes de la protéine kinase-kinase régulant HRK, homologue à l’AMPK chez les mammifères et SNF1 chez la levure. En 1996, j’ai été nommée Maître de conférences à l’Université Paul Sabatier Toulouse 3. Ma recherche a alors porté successivement sur l’analyse fonctionnelle des gènes AtLecRK-a codant des récepteur-kinases putatifs chez Arabidopsis thaliana, puis sur la dynamique des parois cellulaires en étudiant : (i) les mécanismes de régulation transcriptionnelle de gènes impliqués dans la voie de biosynthèse des lignines chez l’Eucalyptus (ii) la fonction de protéines de paroi chez A. thaliana, plus particulièrement d’AtLTP2, une Lipid Transfer Protein impliquée dans l’intégrité de l’interface paroi-cuticule. J’ai rejoint en septembre 2020 l’équipe Plant Resistance Pathways Dynamics and Adaptation to Climate Change, REACH afin de développer des projets portant sur l’identification des mécanismes moléculaires impliqués dans la virulence d’agents pathogènes bactériens tel que Ralstonia solanacearum et dans l’activation de l’immunité des plantes
Bien que des avancées significatives aient été réalisées quant à la compréhension du mode d’activation des NLRs, peu d’informations sont actuellement disponibles sur la nature et la dynamique des protéomes proximaux qui participent à l’activation et à la signalisation des NLRs. En s’appuyant sur les résultats obtenus d’un criblage double hybride, il s’agit de poursuivre l’identification des protéines d’Arabidopsis thaliana partenaires potentiels de l’effecteur PopP2 en les caractérisant fonctionnellement. De plus, une approche de marquage de proximité est mise en œuvre afin d’inventorier les protéines interagissant avec PopP2 et les récepteurs immunitaires NLR qui le reconnaissent, in planta. L’objectif est donc d’établir une liste la plus exhaustive possible des protéines interagissant avec l’effecteur PopP2, de définir leur modalités d’action au niveau moléculaire mais également de préciser leur implication dans les fonctions de virulence et/ou d’avirulence de l’effecteur.
FORMATION
J’ai effectué mes études supérieures à l’Université Paris XI (Faculté des Sciences d’Orsay) :
-Thèse de doctorat (Mention très honorable et félicitations du jury)
-DEA de Biologie Moléculaire et Cellulaire Végétale (Mention Très Bien)
ENSEIGNEMENT
A l’Université Toulouse3-Paul Sabatier, je dispense des enseignements mettant en œuvre essentiellement les disciplines de Génétique moléculaire, de Biologie cellulaire et moléculaire, de Biochimie et Biotechnologies et de Physiologie Moléculaire Végétale en Licence et en Master.
Mes (co-) Responsabilités pédagogiques (Formation et Unités d’Enseignement) :
-Master Biotechnologies parcours « Bio-Ingénierie, Recherche et Application Biomédicale » et parcours « Qualité et sécurité des Produits de Santé et Aliments » (à partir de 2022)
-Master Bioingénierie –Biotechnologies Végétales (2000-2016)
-IUP Bioingénierie –Biotechnologies Végétales (1997-2011)
-10 Unités d’enseignement de Master 1 et 2 (période 2000 à 2022)
LIPME - Laboratoire des interactions plantes-microbes-environnement
UMR CNRS-INRA 2594/441
24, chemin de borderouge- Auzeville
CS 52627
31326 Castanet-Tolosan Cedex
France
effecteur PopP2
épigénétique
ChIP-seq
Cut&Run
CRISPR-Cas9
Raphael Culerrier
IEHC CNRS
SUJETS DE RECHERCHE
Je suis impliqué dans des travaux en lien avec la manipulation de deux lecteurs épigénétiques d'Arabidopsis par l'effecteur PopP2 ainsi (ii) qu’au développement de nouveaux outils visant à identifier les régions de la chromatine ciblées par cet effecteur (ChIP-seq, Cut&Run).
(i) Pour valider l’importance du ciblage de certains lecteurs épigénétique par PopP2 dans la pathogénicité de Ralstonia, une approche de perte de fonction m’a été confiée. Celle-ci consiste à générer des mutants nuls de ces protéines par édition du génome de l’accession sensible Col-0 par la technique CRISPR-Cas9 et à déterminer si la réponse phénotypique de ces mutants vis-à-vis de Ralstonia est différente ou non de celle du sauvage.
(ii) L’équipe a obtenu des données récentes suggérant que PopP2 ciblerait différents complexes de remodelage chromatinien, à l’instar d’effecteurs produits par des bactéries pathogènes animales. Pour aborder l’étude des effets de PopP2 sur l'épigénome d’A. thaliana, mon projet consiste à développer des approches de type ChIP-seq et Cut&Run pour identifier précisément des loci dont la régulation transcriptionnelle serait directement impactée par PopP2 (coll. avec l’équipe Chromatin Dynamics, IPS2)
FORMATION
Après avoir intégré l’ESTBA (École Supérieure des Techniques de Biologie Appliquée) pour y suivre un BTS en analyses biologiques, j’ai eu l’opportunité de poursuivre mes études au sein de cette même école, grâce à la création — alors innovante — de licences professionnelles. J’ai ainsi intégré la licence professionnelle « Immunologie et Recherche », ce qui m’a permis d’effectuer une année en laboratoire au CNRS.
À l’issue de cette expérience, j’ai obtenu le concours d’assistant ingénieur, et ai depuis exercé dans plusieurs laboratoires, au sein d’unités de recherche reconnues, sur des thématiques scientifiques variées :
· Cancérologie : étude de la maladie génétique Xeroderma Pigmentosum
(1997 – 2004 : Assistant ingénieur – UPR 2169 – Institut Gustave Roussy – Villejuif).
· Immunologie : identification et caractérisation d’épitopes de plantes responsables de réactions d’allergies croisées chez l’enfant
(2004 – 2010 : Assistant ingénieur – UMR 5546 – LRSV – Auzeville).
· Cycle cellulaire : étude des mécanismes de sénescence cellulaire, avec un fort investissement sur les aspects épigénétiques, un domaine qui me passionne depuis
(2010 – 2021 : Ingénieur d’étude – UMR 5088 – CBI – Toulouse).
Depuis 2022, j’occupe le poste d’ingénieur d’étude hors classe au sein de l’UMR 2594 – LIPME – Auzeville.
MEMBRE COMITE
je suis membre de la commission CRDPS (Commission Régionale de Développement Professionnel et Social)
PRODUCTION SCIENTIFIQUE
SCIENCE ET SOCIETE
J'ai été plusieurs fois ambassadeur DECLICS, chargé de promouvoir la recherche scientifique et de partager nos travaux avec des lycéens en terminale scientifique.
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Tel
Mots clés
Sarah Carpentier
Doctorante
SUJETS DE RECHERCHE
FORMATION
texte
FINANCEMENTS RECENTS
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COLLABORATIONS
Texte
ENSEIGNEMENT
texte
MEMBRE COMITE
Membre comité
ACTIVITE EDITORIALE
Activités éditoriales
PRODUCTION SCIENTIFIQUE
Productions scientifiques
LIENS
texte
SCIENCE ET SOCIETE
Science & Société
HOBBY
Hobbies
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Immunité végétale
stress thermique
stress biotiques
Bodelot Antoine
IR CDD
SUJETS DE RECHERCHE
Mes thèmes de recherche portent sur l’étude des réponses des plantes aux stress biotiques et abiotiques. Dans le cadre du projet ELEVATION (Exploiting thermostabLE NLR VAriants to mainTain plant disease resIstance in the cOntext of climate warming), en collaboration avec la société iMEAN, nous essayons de développer un modèle de prédiction permettant de déterminer la thermostabilité de gènes de résistance de type NLR (NOD-Like Receptors) en utilisant comme base les gènes modèles de l’équipe REACH, RPS4/RRS1 qui confèrent une résistance à Ralstonia solanacearum.
FORMATION
Après avoir obtenu un diplôme d’ingénieur agronome, spécialité « Protection des Plantes et Environnement (PPE) » en 2020 à l’Institut Agro – Centre Rennes Angers, j’ai poursuivi mon parcours en thèse au sein de l’équipe ResPom à l’Institut de Recherche en Horticulture et Semences (IRHS) à Angers. Ma thèse, encadrée par Marie-Noëlle Brisset, Emilie Vergne et Alexandre Degrave, portait sur la caractérisation fonctionnelle d’une famille de protéines de pommier appelées Malus domestica agglutinins (MdAGGs) dans la résistance à la bactérie phytopathogène Erwinia amylovora, l’agent causal du feu bactérien. J’ai utilisé différentes approches de génomique fonctionnelle comme l’édition génomique des séquences codantes de ces protéines via CRISPR/Cas9 ou la surexpression constitutive de l’une de ces protéines. J‘ai ensuite caractérisé les différentes lignées de pommier obtenues au niveau moléculaire, biochimique et phénotypique en condition d’infection par E. amylovora. J‘ai également utilisé une stratégie d’intragénèse afin d’obtenir des lignées de pommiers intragéniques résistantes au feu bactérien.
PRODUCTION SCIENTIFIQUE
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Mots clés
Maxime Girard
Doctorant
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