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Adresse
24 chemin de borde rouge - Auzeville
CS52627
31326 Castanet-Tolosan cedex
FRANCE
Tel (+33) 05 61 28 54 54
Delphine Capela
Directrice de recherche
Equipe SYMEVOL
SUJETS DE RECHERCHE
Pendant sa thèse, Delphine Capela a contribué au séquençage et à l’annotation experte du premier génome de rhizobium, le rhizobium modèle Sinorhizobium meliloti. Suite à son recrutement au CNRS dans le groupe de Jacques Batut en 2002, elle a continué à travailler sur la post-génomique de S. meliloti en analysant le transcriptome de S. meliloti au cours du processus symbiotique ainsi que dans différentes conditions de vie libre de la bactérie.
En 2008, les principaux travaux de recherche de Delphine Capela se sont tournés vers le projet d’évolution expérimentale du groupe qui vise à convertir une bactérie non symbiotique Ralstonia solanacearum en symbiote de légumineuse. Dans ce projet, elle a pris en charge la production des populations et des clones évolués ainsi que sur l’identification des mutations adaptatives impliquées dans l’activation et l’amélioration des propriétés symbiotiques des souches évoluées expérimentalement. Aujourd’hui, le matériel biologique généré au cours de cette expérience est exploité à deux niveaux, d’une part, pour comprendre les mécanismes d’adaptation des bactéries à l’endosymbiose ainsi que les mécanismes d'adaptation à un changement de mode de vie (pathogénie/mutualisme) et, d’autre part, pour analyser les réponses végétales en réponse à cette adaptation.
Mots clés
FORMATION
1997 : Diplôme d'ingénieur INSA, Toulouse
1997 : DEA de Biologie et Génétique Moléculaires et Cellulaires – Biotechnologies, Université Paul Sabatier, Toulouse
2000 : Doctorat de Biologie Moléculaire et Génomique Microbienne, Université Paul Sabatier, Toulouse
2014 : Habilitation à diriger des recherches, Université Paul Sabatier, Toulouse
FINANCEMENTS RECENTS
INRA SPE (2019-2020)
ANR REPLAY (2017-2020)
COLLABORATIONS
- Jean-Baptiste Ferdy, EDB, Toulouse. Projet FRAIB DYNAMIC (2020). Modélisation de la dynamique évolutive d’adaptation des bactéries à l’endosymbiose.
- Pierre-Marc Delaux, Cyril Libourel, Jean Keller, LRSV, Toulouse. Projet FRAIB gEXTRACT (2019). Séquençage et assemblage du génome de Mimosa pudica. Analyse de données RNAseq de Mimosa pudica.
- Edouardo da Rocha, Institut Pasteur, Paris. ANR Bioadapt SHAPE (2013-2016) et ANR Blanc REPLAY (2017-2020). Génomique évolutive microbienne. Analyses phylogénétiques. Parallèles entre évolution naturelle et expérimentale des rhizobia.
ENSEIGNEMENT
Participation aux ateliers bibliographiques et aux jurys des oraux et rapports écrits finaux pour les M2R Microbiologie Moléculaire (MM) et Adaptation, Développement et Amélioration des plantes en présence de Microorganisme (ADAM) de Toulouse.
MEMBRE COMITE
Membre du Scientific Advisory board du laboratoire Microbiologie, Adaptation, Pathogénie (Lyon).
PRODUCTION SCIENTIFIQUE
Granada Agudelo M, Ruiz B, Capela D, Remigi P. (2023) The role of microbial interactions on rhizobial fitness.Front Plant Sci. 14:1277262. doi: 10.3389/fpls.2023.1277262.
Libourel C, Keller J, Brichet L, Cazalé A-C, Carrère S, Vernié T, Couzigou J-M, Callot C, Dufau I, Cauet S, William Marande W, Tabatha Bulach T, Suin A, Masson-Boivin C, Remigi P, Delaux P-M, Capela D. (2023) Comparative phylotranscriptomics reveals ancestral and derived root nodule symbiosis programs. Nat Plants 9(7):1067-1080. doi: 10.1038/s41477-023-01441-w.
Doin de Moura GG, Mouffok S, Gaudu N, Cazalé AC, Milhes M, Bulach T, Valière S, Roche D, Ferdy JB, Masson-Boivin C, Capela D, Remigi P. (2023) A selective bottleneck during host entry drives the evolution of new legume symbionts. Mol Biol Evol 40(5):msad116. doi: 10.1093/molbev/msad116.
Doin de Moura GG, Remigi P, Masson-Boivin C, Capela D. (2020) Experimental Evolution of Legume Symbionts: What Have We Learnt? Genes (Basel). 11(3):339. doi: 10.3390/genes11030339.
Tang M, Bouchez O, Cruveiller S, Masson-Boivin C, and Capela D. (2020) Modulation of quorum sensing as an adaptation to nodule cell infection during experimental evolution of legume symbionts. mBio 11(1):e03129-19. doi: 10.1128/mBio.03129-19.
Daubech B, Poinsot V, Klonowska A, Capela D, Chaintreuil C, Moulin L, Marchetti M, and Masson-Boivin C. (2019) noeM, a new nodulation gene involved in the biosynthesis of Nod Factors with an open-chain oxidized terminal residue and in the symbiosis with Mimosa pudica. Mol Plant-Microbe Interact. 32:1635-1648. doi: 10.1094/MPMI-06-19-0168-R.
Clerissi C, Touchon M, Capela D, Tang M, Cruveiller S, Parker MA, Moulin L, Masson-Boivin C, Rocha EPC. (2018) Parallels between experimental and natural evolution of legume symbionts. Nat Commun. 9(1):2264. doi: 10.1038/s41467-018-04778-5.
Daubech B, Remigi P, Doin de Moura G, Marchetti M, Pouzet C, Auriac MC, Gokhale CS, Masson-Boivin C, Capela D. (2017) Spatio-temporal control of mutualism in legumes helps spread symbiotic nitrogen fixation. Elife. 6: e28683. doi: 10.7554/eLife.28683.
Capela D, Marchetti M, Clérissi C, Perrier A, Guetta D, Gris C, Valls M, Jauneau A, Cruveiller S, Rocha EPC, Masson-Boivin C. (2017) Recruitment of a lineage-specific virulence regulatory pathway promotes intracellular infection by a plant pathogen experimentally evolved into a legume symbiont. Mol Biol Evol. doi: 10.1093/molbev/msx165.
Marchetti M, Clerissi C, Yousfi Y, Gris C, Bouchez O, Rocha E, Cruveiller S, Jauneau A, Capela D, Masson-Boivin C. (2017) Experimental evolution of rhizobia may lead to either extra- or intracellular symbiotic adaptation depending on the selection regime. Mol Ecol. 26(7):1818-1831.
Remigi P, Capela D, Clerissi C, Tasse L, Torchet R, Bouchez O, Batut J, Cruveiller S, Rocha EP, Masson-Boivin C. (2014) Transient hypermutagenesis accelerates the evolution of legume endosymbionts following horizontal gene transfer. PLoS Biol., 12(9):e1001942.
Marchetti M, Jauneau A, Capela D, Remigi P, Gris C, Batut J, Masson-Boivin C. (2014) Shaping bacterial symbiosis with legumes by experimental evolution. Mol. Plant Microbe Interact., 27(9):956-964.
Selami N, Auriac MC, Catrice O, Capela D, Kaid-Harche M, Timmers T. (2014) Morphology and anatomy of root nodules of Retama monosperma (L.)Boiss. Plant Soil, 379:109-119.
Roux B, Rodde N, Jardinaud MF, Timmers T, Sauviac L, Cottret L, Carrère S, Sallet E, Courcelle E, Moreau S, Debellé F, Capela D, de Carvalho-Niebel F, Gouzy J, Bruand C, Gamas P. (2014) An integrated analysis of plant and bacterial gene expression in symbiotic root nodules using laser capture microdissection coupled to RNA-seq. Plant J., 77(6):817-37.
Sallet E, Roux B, Sauviac L, Jardinaud MF, Carrère S, Faraut T, de Carvalho-Niebel F, Gouzy J, Gamas P, Capela D, Bruand C, Schiex T. (2013) Next Generation Annotation of prokaryotic genomes with EuGene-P: application to Sinorhizobium meliloti 2011. DNA Res., 20(4):339-54.
Guan SH, Gris C, Cruveiller S, Pouzet C, Tasse L, Leru A, Maillard A, Médigue C, Batut J, Masson-Boivin C, Capela D. (2013) Experimental evolution of nodule intracellular infection in legume symbionts. ISME J. doi: 10.1038/ismej.2013.24.
Marchetti M, Capela D, Poincloux R, Benmeradi N, Auriac MC, Le Ru A, Maridonneau-Parini I, Batut J, Masson-Boivin C. (2013) Queuosine biosynthesis is required for Sinorhizobium meliloti-induced cytoskeletal modifications on HeLa cells and symbiosis with Medicago truncatula. PLoS One, 8(2):e56043.
Marchetti M*, Capela D*, Glew M*, Cruveiller S, Chane-Woon-Ming B, Gris C, Timmers T, Poinsot V, Gilbert LB, Heeb P, Médigue C, Batut J, Masson-Boivin C. (2010) Experimental evolution of a plant pathogen into a legume symbiont. PLoS Biol., 8(1):e1000280. *Co-premiers auteurs.
Becker A, Barnett MJ, Capela D, Dondrup M, Kamp PB, Krol E, Linke B, Rüberg S, Runte K, Schroeder BK, Weidner S, Yurgel S, Batut J, Long SR, Pühler A, Finan TM, Goesman A. (2009) A portal for rhizobial genomes: RhizoGATE integrates a S. meliloti genome annotation update with postgenome data. J. Biotechnol., 140(1-2):45-50.
Peltzer M, Roques N, Poinsot V, Aguilar OM, Batut J, Capela D. (2008) Auxotrophy accounts for nodulation defect of most Sinorhizobium meliloti mutants in the branched-chain amino acid biosynthesis pathway. Mol. Plant Microbe Interact., 21(9):1232-41.
Rossbach S, Mai DJ, Carter EL, Sauviac L, Capela D, Bruand C, de Bruijn FJ. (2008) Response of Sinorhizobium meliloti to elevated concentrations of cadmium and zinc. Appl. Environ. Microbiol., 74(13):4218-21.
Amadou C, Pascal G, Mangenot S, Glew M, Bontemps C, Capela D, Carrère S, Cruveiller S, Dossat C, Lajus A, Marchetti M, Poinsot V, Rouy Z, Servin B, Saad M, Schenowitz C, Barbe V, Batut J, Médigue C, Masson-Boivin C. (2008) Genome sequence of the β-rhizobium Cupriavidus taiwanensis and comparative genomics of rhizobia. Genome Res. 18(9):1472-83.
Capela D, Filipe C, Bobik C, Batut J, Bruand C. (2006) Sinorhizobium meliloti differentiation during symbiosis with alfalfa: a transcriptomic dissection. Mol. Plant Microbe Interact., 19(4):363-372.
Capela D, Carrère S, Batut J (2005) Transcriptome-based identification of the NodD1 regulon of Sinorhizobium meliloti. Appl. Environ. Microbiol., 71(8):4910-4913.
Maillart E, Brengel-Pesce K, Capela D, Roget A, Livache T, Canva M, Levy Y, Soussi T (2004). Versatile analysis of multiple macromolecular interactions by SPR imaging: application to p53 and DNA interaction. Oncogene, 23(32):5543-5550.
Becker A, Berges H, Krol E, Bruand C, Ruberg S, Capela D, Lauber E, Meilhoc E, Ampe F, de Bruijn FJ, Fourment J, Francez-Charlot A, Kahn D, Kuster H, Liebe C, Puhler A, Weidner S, Batut J (2004). Global changes in gene expression in Sinorhizobium meliloti 1021 under microoxic and symbiotic conditions. Mol. Plant Microbe Interact., 17(3):292-303.
Djordjevic MA, Chen HC, Natera S, Van Noorden G, Menzel C, Taylor S, Renard C, Geiger O, Weiller GF, Sinorhizobium DNA Sequencing Consortium (2003). A global analysis of protein expression profiles in Sinorhizobium meliloti: discovery of new genes for nodule occupancy and stress adaptation. Mol Plant Microbe Interact, 16(6):508-24.
Barnett MJ, Fisher RF, Jones T, Komp C, Abola AP, Barloy-Hubler F, Bowser L, Capela D, Galibert F, Gouzy J, Gurjal M, Hong A, Huizar L, Hyman RW, Kahn D, Kahn ML, Kalman S, Keating DH, Palm C, Peck MC, Surzycki R, Wells DH, Yeh KC, Davis RW, Federspiel NA, Long SR (2001). Nucleotide sequence and predicted functions of the entire Sinorhizobium meliloti pSymA megaplasmid. Proc Natl Acad Sci U S A, 98(17):9883-8.
Capela D, Barloy-Hubler F, Gouzy J, Bothe G, Ampe F, Batut J, Boistard P, Becker A, Boutry M, Cadieu E, Dreano S, Gloux S, Godrie T, Goffeau A, Kahn D, Kiss E, Lelaure V, Masuy D, Pohl T, Portetelle D, Puhler A, Purnelle B, Ramsperger U, Renard C, Thebault P, Vandenbol M, Weidner S, Galibert F (2001). Analysis of the chromosome sequence of the legume symbiont Sinorhizobium meliloti strain 1021. Proc Natl Acad Sci U S A, 98(17):9877-82.
Galibert F, Finan TM, Long SR, Puhler A, Abola P, Ampe F, Barloy-Hubler F, Barnett MJ, Becker A, Boistard P, Bothe G, Boutry M, Bowser L, Buhrmester J, Cadieu E, Capela D, Chain P, Cowie A, Davis RW, Dreano S, Federspiel NA, Fisher RF, Gloux S, Godrie T, Goffeau A, Golding B, Gouzy J, Gurjal M, Hernandez-Lucas I, Hong A, Huizar L, Hyman RW, Jones T, Kahn D, Kahn ML, Kalman S, Keating DH, Kiss E, Komp C, Lelaure V, Masuy D, Palm C, Peck MC, Pohl TM, Portetelle D, Purnelle B, Ramsperger U, Surzycki R, Thebault P, Vandenbol M, Vorholter FJ, Weidner S, Wells DH, Wong K, Yeh KC, Batut J (2001). The composite genome of the legume symbiont Sinorhizobium meliloti. Science, 293(5530):668-72.
Galibert F, Barloy-Hubler F, Capela D, Gouzy J (2000). Sequencing the Sinorhizobium meliloti genome. DNA Seq., 11(3-4):207-10.
Barloy-Hubler F, Capela D, Batut J, Galibert F (2000). High-resolution physical map of the pSymb megaplasmid and comparison of the three replicons of Sinorhizobium meliloti strain 1021. Curr Microbiol., 41(2):109-13.
Barloy-Hubler F, Capela D, Barnett MJ, Kalman S, Federspiel NA, Long SR, Galibert F (2000). High-resolution physical map of the Sinorhizobium meliloti 1021 pSyma megaplasmid. J. Bacteriol., 182(4):1185-9.
Capela D, Barloy-Hubler F, Gatius MT, Gouzy J, Galibert F (1999). A high-density physical map of Sinorhizobium meliloti 1021 chromosome derived from bacterial artificial chromosome library. Proc Natl Acad Sci U S A, 96(16):9357-62.
Alvinerie M, Sutra JF, Capela D, Galtier P, Fernandez-Suarez A, Horne E, O'Keeffe M (1996). Matrix solid-phase dispersion technique for the determination of moxidectin in bovine tissues. Analyst, 121(10):1469-72.
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Mots clés
Anne-Claire Cazalé
Ingénieure de recherche
Equipe SYMEVOL
SUJETS DE RECHERCHE
Anne-Claire a étudié la signalisation (production d’oxygène activé et protéines kinases) chez les plantes en réponse au stress abiotique pendant sa thèse à l’ISV, au CNRS de Gif-sur-Yvette (France) et pendant un post-doc au MPIZ de Cologne (Allemagne). Elle a analysé la tolérance aux métaux lourds pendant deux post-docs au Leibniz-IPB, à Halle/Saale (Allemagne) et au CEA de Cadarache (France). Elle a rejoint le LIPM en 2007 pour contribuer à la caractérisation de la fonction des effecteurs de type III de Ralstonia solanacearum dans l’équipe de Stéphane Genin.
De 2015 à 2020, elle a travaillé dans l’équipe de Claude Bruand pour participer à l’élucidation des rôles du monoxyde d'azote (NO) dans l’interaction symbiotique Medicago truncatula-Sinorhizobium meliloti, et en particulier elle a recherché les modifications post-traductionnelles de protéines médiées par le NO. Depuis 2020, Anne-Claire a rejoint l’équipe de Delphine Capela pour étudier les réponses transcriptomiques de la légumineuse Mimosa pudica à l’adaptation progressive de symbiotes évolués expérimentalement.
FORMATION
Thèse de doctorat en Sciences de la vie: Physiologie Cellulaire et Moléculaire des Plantes, mention très honorable avec félicitations, Université Paris VI, France, 1999
FINANCEMENTS RECENTS
COLLABORATIONS
ENSEIGNEMENT
MEMBRE COMITE
ACTIVITE EDITORIALE
PRODUCTION SCIENTIFIQUE
Cazalé AC, Blanquet P, Henry C, Pouzet C, Bruand C, Meilhoc E (2021) Tyrosine nitration of flagellins: a response of Sinorhizobium meliloti to nitrosative stress. AEM 87(1): e02210-20.
González-Fuente M, Carrère S, Monachello D, Marsella BG, Cazalé AC, Zischek C, Mitra RM, Rezé N, Cottret L, Mukhtar MS, Lurin C, Noël LD and Peeters N (2020) EffectorK, a comprehensive resource to mine for Ralstonia, Xanthomonas and other published effector interactors in the Arabidopsis proteome. Mol Plant Pathol 00: 1–14.
Sang Y, Wang Y, Ni H, Cazalé AC, She YM, Peeters N, Macho AP (2018), The Ralstonia solanacearum type III effector RipAY targets plant redox regulators to suppress immune responses, Mol Plant Pathol 19(1): 129-142.
Lonjon F, Lohou D, Cazalé AC, Büttner D, Ribeiro BG, Péanne C, Genin S, Vailleau F. (2017), HpaB-dependent secretion of Type III effectors in the plant pathogens Ralstonia solanacearum and Xanthomonas campestris pv. Vesicatoria, Sci Rep 7(1):4879.
Lonjon F, Turner M, Henry C, Rengel D, Lohou D, van de Kerkhove Q, Cazalé AC, Peeters N, Genin S, Vailleau F (2016) Comparative secretome analysis of Ralstonia solanacearum type 3 secretion-associated mutants reveals a fine control of effector delivery, essential for bacterial pathogenicity, Mol Cell Proteomics 15(2):598-613.
Poueymiro M*, Cazalé AC*, François JM, Parrou JL, Peeters N, Genin S. (2014), A Ralstonia solanacearum type III effector directs the production of the plant signal metabolite trehalose-6-phosphate, MBio 5(6) pii: e02065-14. doi: 10.1128/mBio.02065-14. (*contributed equally to this work)
Lohou D, Turner M, Lonjon F, Cazalé AC, Peeters N, Genin S, Vailleau F (2014), HpaP modulates type III effector secretion in Ralstonia solanacearum and harbours a substrate specificity switch domain essential for virulence, Mol Plant Pathol 15(6):601-14.
Peeters N, Carrère S, Anisimova M, Plener L, Cazalé AC, Genin S (2013), Repertoire, unified nomenclature and evolution of the Type III effector gene set in the Ralstonia solanacearum species complex, BMC Genomics 14:859.
LIENS
Science & Société
SCIENCE ET SOCIETE
Science & Société
HOBBY
Hobbies
AUTRES AFFILIATION
Autres affiliations
Nicolas Burkhardt
Doctorant
Equipe SYMEVOL
SUJETS DE RECHERCHE
Analyse des convergences mutationnelles impliquées dans l’évolution adaptative de Ralstonia solanacearum à différents environnements plantes et différents modes de vie.
FORMATION
24 chemin de borde rouge - Auzeville
CS52627
31326 Castanet-Tolosan cedex
FRANCE
Tel (+33) 05 61 28 54 54
Mots clés
Master TULIP Functional Biology and Ecology (FBE)
Doctorant (interactions plante-microorganisme, SEVAB-Université Paul Sabatier)
FINANCEMENTS RECENTS
COLLABORATIONS
ENSEIGNEMENT
MEMBRE COMITE
ACTIVITE EDITORIALE
PRODUCTION SCIENTIFIQUE
Publications
LIENS
Science & Société
SCIENCE ET SOCIETE
Science & Société
HOBBY
AUTRES AFFILIATION
Autres affiliations
SUJETS DE RECHERCHE
Evolution expérimentale de symbiotes de légumineuses.
Analyse des réponses transcriptomiques végétales à l’adaptation des bactéries à l’endosymbiose.
FORMATION
Philippe Remigi
Chargé de recherche
Equipe SYMEVOL
Adresse
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31326 Castanet-Tolosan cedex
FRANCE
2011: Doctorat en Phytopathologie, Université de Toulouse
2007: Master de Biologie Végétale, Université Paris-Sud, Orsay
2004: Licence de Biologie, Ecole Normale Supérieure, Paris
FINANCEMENTS RECENTS
Tel. (+33) 05 61 28 54 49
Mots clés
SPE INRAE EPIMODE (2021-2022) Impact des modifications épigénétiques dans l’adaptation bactérienne à un nouveau mode de vie. Partenaire : A. Guidot (LIPME), 15 k€.
FRAIB DYNAMIC (2021-2022) Dynamique évolutive de l'adaptation bactérienne à la symbiose avec une plante légumineuse. Partenaire : J.B. Ferdy (EDB, Toulouse), 15 k€.
FRAIB gEXTRACT (2019-2020) Genomic resources for studying the evolution of plant symbioses: development of a universal protocol for high-molecular weight gDNA extraction. Partenaires : Hélène Berges (CNRGV, Toulouse) et Pierre-Marc Delaux (LRSV, Toulouse). 8 k€.
COLLABORATIONS
- Alice GUIDOT (LIPME, Toulouse)
- Jean-Baptiste FERDY (EDB, Toulouse)
- Chaitanya GOKHALE (Max Planck Institute for Evolutionary Biology, Ploen, Allemagne)
- Pierre-Marc Delaux (LRSV, Toulouse)
ENSEIGNEMENT
Participation aux ateliers bibliographiques et aux jurys des oraux et rapports écrits finaux pour les M2R Microbiologie Moléculaire (MM) et Adaptation, Développement et Amélioration des plantes en présence de Microorganisme (ADAM) de Toulouse.
MEMBRE COMITE
Comité Scientifique Labex TULIP (2019-présent)
Conseil de Laboratoire LIPME (2020-présent)
ACTIVITE EDITORIALE
PRODUCTION SCIENTIFIQUE
- Doin de Moura G, Remigi P, Masson-Boivin C, Capela D (2020). Experimental evolution of legume symbionts: what have we learnt? Genes 11(3), 339. doi:10.3390/genes11030339.
- Remigi P, Masson-Boivin C, Rocha EPC (2019). Experimental evolution as a tool to investigate natural processes and molecular functions. Trends in Microbiology 27 (7), 623-634. doi:10.1016/j.tim.2019.02.003
- Gallie J, Bertels F, Remigi P, Ferguson GC, Nestmann, PB Rainey (2019). Repeated phenotypic evolution by different genetic routes in Pseudomonas fluorescens SBW25. Molecular Biology and Evolution 36(5), 1071-1085. doi:10.1093/molbev/msz040
- Remigi P, Ferguson GC, Rogers DW, McConnell E, De Monte S, Rainey PB (2019). Ribosome provisioning activates a bistable switch coupled to fast exit from stationary phase. Molecular Biology and Evolution 36(5), 1056-1070. doi:10.1093/molbev/msz041
- Rainey PB, Remigi P, Farr AD, Lind PA (2017) Darwin was right: where now for experimental evolution? Current Opinion in Genetics & Development 47, 102-109. doi:10.1016/j.gde.2017.09.003
- Daubech B*, Remigi P*, Doin de Moura G, Marchetti M, Pouzet C, Auriac MC, Gokhale CS, Masson-Boivin C and Capela D (2017). Spatio-temporal control of mutualism in legumes helps spreading symbiotic nitrogen fixation. eLife. 6:e28683. doi:10.7554/eLife.28683. (* denotes first co-authorship)
- Farr A, Remigi P, Rainey PB (2017). Adaptive evolution by spontaneous domain fusion and protein relocalisation. Nature Ecology and Evolution. 1: 1562-1568. doi:10.1038/ s41559-017-0283-7.
- Wang K, Remigi P, Anisimova M, Lonjon F, Kars I, Kajava A, Li CH, Cheng CP, Vailleau F, Genin S, Peeters N (2016) Functional assignment to positively selected sites in the core type III effector RipG7 from Ralstonia solanacearum. Molecular plant pathology 17 (4), 553-564. doi:10.1111/mpp.12302
- Remigi P, Zhu J, Young JPW, Masson-Boivin C (2016) Symbiosis within symbiosis: evolving nitrogen-fixing legume symbionts. Trends in microbiology 24 (1), 63-75. doi:10.1016/j.tim.2015.10.007
- Gallie J, Libby E, Bertels F, Remigi P, Jendresen CB, Ferguson GC, Desprat N, Buffing MF, Sauer U, Beaumont HJE, Martinussen J, Kilstrup M, Rainey PB (2015). Bistability in a metabolic network underpins the de novo evolution of colony switching in Pseudomonas fluorescens SBW25. PLOS Biology 13(3):e1002109. doi:10.1371/journal.pbio.1002109.
- Remigi P, Capela D, Clerissi C, Tasse L, Bouchez O, Batut J, Cruveiller S, Rocha EPC, Masson-Boivin C (2014). Transient hypermutagenesis accelerates the evolution of legume endosymbionts following horizontal gene transfer. PLOS Biology 12(9):e1001942. doi:10.1371/journal.pbio.1001942.
- Remigi P, Anisimova M, Wicker E, Genin S, Peeters N (2011). Functional divergence of the GALA family of type three effectors from the phytopathogenic bacterium Ralstonia solanacearum. New Phytologist, 192:976-987. doi: 10.1111/j.1469-8137.2011.03854.
- Reeser PW, Sutton W, Hansen EM, Remigi P, Adams GC (2011) Phytophthora species in forest streams in Oregon and Alaska. Mycologia 103 (1), 22-35. doi: 10.3852/10-013
- Remigi P, Faye A, Kane A, Deruaz M, Thioulouse J, Cissoko M, Prin Y, Galiana A, Dreyfus B, Duponnois R (2008). The exotic legume tree species Acacia holosericea alters microbial soil functionalities and the structure of the arbuscular mycorrhizal community. Applied and Environmental Microbiology 74 (5), 1485-1493. doi:10.1128/AEM.02427-07
LIENS
SCIENCE ET SOCIETE
Atelier 'Sciences à Lautrec' (2019): Accueil de lycéens au laboratoire pour réaliser des expériences sur l'évolution des bactéries
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Saïda Mouffok
Ingénieur d'études
Equipe SYMEVOL
SUJETS DE RECHERCHE
Saïda a étudié durant sa thèse réalisée au laboratoire de biologie moléculaire eucaryote, CNRS/Université Toulouse, l’activité d’une hélicase impliquée dans la biogenèse des ribosomes et son interaction avec des protéines ayant des structures spécifiques (domaines G-patch). Elle a rejoint le LIPM en 2016 pour travailler sur le projet de L’autorégulation de l’infection racinaire (AOI), dans la symbiose S. meliloti-Medicago pour l’identification et la caractérisation des cibles moléculaires de la protéine périplasmique intervenant dans l’AOI et dont la fonction est inconnue. Depuis 2020, Saïda est impliquée dans le projet d’évolution expérimentale des rhizobia. Elle contribue à la réalisation de l'expérience d'évolution ainsi qu'à la reconstruction de mutations survenues au cours de cette expérience et au phénotypage des mutants reconstruits sur plantes.
FORMATION
2014 : Thèse de doctorat en biologie moléculaire : Etude de la structure de l’hélicase Prp43p et son interaction avec les protéines à domaine G-patch. Equipe « Ribosomes et télomères » dirigée par Yves Henry, Laboratoire de Biologie Moléculaire Eucaryote, CNRS/Université Toulouse III (UMR5099).
FINANCEMENTS RECENTS
Mots clés
COLLABORATIONS
ENSEIGNEMENT
MEMBRE COMITE
ACTIVITE EDITORIALE
PRODUCTION SCIENTIFIQUE
Sorroche F, Morales V, Mouffok S, Pichereaux C, Garnerone A. M, Zou L, Soni B, Carpene M.A, Gargaros A, Maillet F, Poinsot V, Polard P, Schiltz O, Gouch C, Batut J.2020.The ex planta signal activity of a Medicago ribosomal uL2 protein suggests a moonlighting role in controlling secondary rhizobial infection.PLos ONE D-20-05716R2.
Saïda Mouffok, Régine Capeyrou, Kamila Belhabich-Baumas, Clément Joret, Anthony K. Henras,
Odile Humbert, Yves Henry. “The G-patch activators Pfa1 and PINX1 exhibit different modes of interaction with the Prp43 RNA helicase”. RNA Biology, 510-522, 2020.
Hélène Walbott, Saïda Mouffok, Régine Capeyrou, Simon Lebaron, Hermann van Tilbeurgh, Yves Henry and Nicolas Leulliot. “Prp43p contains a Hel308-like helicase structural architecture with a DEAH helicase specific regulatory domain”. EMBO J., 29, 2194-2204, 2010. (Co-premier Auteur).
Yan-Ling Chen, Régine Capeyrou, Odile Humbert, Saïda Mouffok, Simon Lebaron, Anthony K. Henras and Yves Henry. “The telomerase inhibitor Gno1p/PINX1 is an activator of the helicase Prp43p required for the synthesis of the large ribosomal subunit”. Nucleic Acids Res, May 2014.
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Bryan Ruiz-Conquet
Ingénieur d'études
Equipe SYMEVOL
SUJETS DE RECHERCHE
Functional integration of horizontally-transferred genes into bacterial genomes: nitrogen-fixing symbiosis in beta-rhizobia as a case study.
FORMATION
2022 : Thèse de doctorat en Agrosciences et Ecologie. Synthèse et rôle de l’oxyde nitrique d’origine bactérienne dans la symbiose fixatrice d’azote Ensifer meliloti-Medicago truncatula.
2018 : Master de Biotechnologie option Microbiologie Moléculaire
FINANCEMENTS RECENTS
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PRODUCTION SCIENTIFIQUE
Granada Agudelo M, Ruiz B, Capela D, Remigi P. The role of microbial interactions on rhizobial fitness. Front Plant Sci. 2023 Oct 9;14:1277262. doi: 10.3389/fpls.2023.1277262. PMID: 37877089; PMCID: PMC10591227.
Sauviac L, Rémy A, Huault E, Dalmasso M, Kazmierczak T, Jardinaud MF, Legrand L, Moreau C, Ruiz B, Cazalé AC, Valière S, Gourion B, Dupont L, Gruber V, Boncompagni E, Meilhoc E, Frendo P, Frugier F, Bruand C. A dual legume-rhizobium transcriptome of symbiotic nodule senescence reveals coordinated plant and bacterial responses. Plant Cell Environ. 2022 Oct;45(10):3100-3121. doi: 10.1111/pce.14389.
Ruiz B, Sauviac L, Brouquisse R, Bruand C, Meilhoc E. Role of nitric oxide of bacterial origin in the Medicago truncatula-Sinorhizobium meliloti Symbiosis. Mol Plant Microbe Interact. 2022 Oct;35(10):887-892. doi: 10.1094/MPMI-05-22-0118-SC.
Ruiz B, Frostegård Å, Bruand C, Meilhoc E. Rhizobia: highways to NO. Biochem Soc Trans. 2021 Feb 26;49(1):495-505. doi: 10.1042/BST20200989.
Ruiz B, Le Scornet A, Sauviac L, Rémy A, Bruand C, Meilhoc E. The nitrate assimilatory pathway in Sinorhizobium meliloti: contribution to NO production. Front Microbiol. 2019 Jul 3;10:1526. doi: 10.3389/fmicb.2019.01526.
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Marvin Navarro
Doctorant
Equipe SYMEVOL
SUJETS DE RECHERCHE
Identification de fonctions nécessaires à l’émergence de nouveaux symbiotes de plantes, mutualistes et pathogènes
FORMATION
2022 : Master
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Margarita Granada Aguledo
Doctorante
Equipe SYMEVOL
SUJETS DE RECHERCHE
Dynamique eco-evolutive de populations rhizobiennes en interaction avec la plante légumineuse Mimosa pudica
FORMATION
2021 : Master
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PRODUCTION SCIENTIFIQUE
Granada Agudelo M, Ruiz B, Capela D, Remigi P. (2023) The role of microbial interactions on rhizobial fitness.Front Plant Sci. 14:1277262. doi: 10.3389/fpls.2023.1277262.
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